Studies of quadruplex nucleic acids /
Guaninové kvadruplexy jsou pravděpodobně nejdůležitější nekanonickou formou DNA. Hrají roli v důležitých buněčných procesech, mezi které patří ochrana konců lineárních chromosomů (telomer), regulace transkripce a translace nebo interakce hostitel-virus. Mutace v nukleotidových sekvencích tvořících k...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2017
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/323416/prif_d/ |
| Shrnutí: | Guaninové kvadruplexy jsou pravděpodobně nejdůležitější nekanonickou formou DNA. Hrají roli v důležitých buněčných procesech, mezi které patří ochrana konců lineárních chromosomů (telomer), regulace transkripce a translace nebo interakce hostitel-virus. Mutace v nukleotidových sekvencích tvořících kvadruplexy může vést ke vzniku různých onemocnění, jako například demence nebo rakovina. Interakce kvadruplexů s malými molekulami léčiv se zdá být jednou z možností, jak proti těmto chorobám bojovat. Tato práce se zabývá mechanismem sbalování guaninových kvadruplexů, zejména pak těch tvořených lidskou telomerní sekvencí. V této práci používáme moderní výpočetní metody založené na molekulové dynamice. Testovali jsme, jestli se dříve navržené meziprodukty sbalování skutečně mohou tohoto děje účastnit, a zároveň jsme se pokusili zjistit, jestli se sbalování neúčastní i dosud neidentifikované intermediáty. Specificky jsme se zaměřili na guaninový triplex a guaninovou vlásenku. Guanine quadruplexes are the most important non-canonical DNA architectures. They are involved in many important cellular processes. For example, protection of the ends of linear chromosomes (telomeres), transcriptional and translational regulation or host-virus interaction. Mutations in G-quadruplex forming sequences can lead to various diseases, including dementia and cancer. Targeting G-quadruplex structures by small ligands has been suggested as potential approach in their treatment. This thesis deals with the mechanism of DNA G-quadruplex folding, with special attention paid to the human telomeric sequence. We use the state-of-the-art molecular dynamics methods to verify the existence of various suggested folding intermediates and predict the presence of those not yet identified. Specifically, we probe the G-triplex and G-hairpin structures. The results show that although they might exist, the most important feature of the folding landscape is the presence of many deep basins ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Šponer |
| Fyzický popis: | 182 různě číslovaných listů |