Studies of quadruplex nucleic acids - Stadlbauer, Petr (2017)
Guaninové kvadruplexy jsou pravděpodobně nejdůležitější nekanonickou formou DNA. Hrají roli v důležitých buněčných procesech, mezi které patří ochrana konců lineárních chromosomů (telomer), regulace transkripce a translace nebo interakce hostitel-virus. Mutace v nukleotidových sekvencích tvořících kvadruplexy může vést ke vzniku různých onemocnění, jako například demence nebo rakovina. Interakce kvadruplexů s malými molekulami léčiv se zdá být jednou z možností, jak proti těmto chorobám bojovat. Tato práce se zabývá mechanismem sbalování guaninových kvadruplexů, zejména pak těch tvořených lidskou telomerní sekvencí. V této práci používáme moderní výpočetní metody založené na molekulové dynamice. Testovali jsme, jestli se dříve navržené meziprodukty sbalování skutečně mohou tohoto děje účastnit, a zároveň jsme se pokusili zjistit, jestli se sbalování neúčastní i dosud neidentifikované intermediáty. Specificky jsme se zaměřili na guaninový triplex a guaninovou vlásenku.