Klasifikace psychrotrofnich pseudomonád /
V rámci pravidelných polárních expedic na stanici Johanna Gregora Mendela na ostrově Jamese Rosse v Antarktidě byly sbírány biotické i abiotické vzorky. Z takto získaného souboru bylo vytypováno 439 vzorků presumptivních pseudomonád izolovaných během let 2011-2014 pro přesnější taxonomické určení. V...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/394359/prif_m/ |
| Shrnutí: | V rámci pravidelných polárních expedic na stanici Johanna Gregora Mendela na ostrově Jamese Rosse v Antarktidě byly sbírány biotické i abiotické vzorky. Z takto získaného souboru bylo vytypováno 439 vzorků presumptivních pseudomonád izolovaných během let 2011-2014 pro přesnější taxonomické určení. V prvním kroku jsme vyselektovali 240 kmenů patřících dle dvou rodově specifických PCR do rodu Pseudomonas. Tyto izoláty následně postoupily podrobnější fenotypizaci a genotypizaci. Mezi hodnocené znaky fenotypu patřila např. schopnost okyselovat cukry a cukerné alkoholy, růst na speciálních mediích či za různých teplotních podmínek. Část výsledků biochemických testů byla použita k předběžné druhové identifikaci. Pro zobrazení celkové podobnosti fenotypů našich izolátů byla provedena shluková a ordinační analýza. Obě tyto metody vyčlenily 28 kmenů s problematickou identifikací mimo hlavní shluk. Může jít o izoláty chybně zařazené mezi pseudomonády pomocí rodově specifických PCR. Pro genotyp Within the Czech polar expeditions to Johann Gregor Mendel Station on James Ross Island, Antarctica, biotic and abiotic microbial samples were collected. We picked out 439 presumptive pseudomonads isolated during the years 2011-2014 for further investigation. Initial sorting based on two genus specific PCRs separated 240 strains of them as Pseudomonas species and these were then more characterized. Phenotypic methods included e.g. abilities to utilize various saccharides, growth on special media or under different temperature conditions. Some results of biochemical tests were used for the preliminary species identification. To show the overall phenotypic similarity of our samples we performed a cluster and an ordination analysis. Both methods separated 28 strains with problematical identification from the main cluster. They might be inaccurately included among pseudomonads by the genus specific PCRs. For genotyping we used a repetitive PCR (rep-PCR) approach. Surprisingly the dendrog |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Ivo Sedláček |
| Fyzický popis: | 54 stran |