Analysis of non-coding RNAs and their role in the biology of malignant B cells /
Cílem této bakalářské práce bylo analyzovat 16 vzorků od pacientů s chronickou lymfocytární leukémií získaných pomocí technologie sekvenování nové generace se zaměřením na dlouhé nekódující RNA. Tato třída nekódujících RNA má velký potenciál pro regulaci genové exprese a její spojení se vznikem mnoh...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/422653/prif_b/ |
| Shrnutí: | Cílem této bakalářské práce bylo analyzovat 16 vzorků od pacientů s chronickou lymfocytární leukémií získaných pomocí technologie sekvenování nové generace se zaměřením na dlouhé nekódující RNA. Tato třída nekódujících RNA má velký potenciál pro regulaci genové exprese a její spojení se vznikem mnoha typů rakoviny je dnes všeobecně uznáváno. Během práce byla vytvořena databáze dlouhých nekódujících RNA z 12 dostupných databází. Vzorky byly úspěšně mapovány na tuto databázi a rozdílně exprimované transkripty byly odhaleny. Pro takto získané dlouhé nekódující RNA byly predikovány možné interakce s microRNA s ohledem na konzervovanost vazebných míst v cílových sekvencích. Výsledkem této práce jsou identifikované vysoce exprimované dlouhé nekódující RNA a jejich potencionální interakce s microRNA, které mohou hrát důležitou roli v chronické lymfocytární leukémii. The aim of this bachelor thesis was to analyse 16 samples from patients with chronic lymphocytic leukemia (CLL) obtained by Next-generation sequencing (NGS) technique with a focus on long non-coding RNAs. This class of non-coding RNAs has a great potential in regulation of gene expression and its association with origin of various types of cancer is now widely recognized. During the work, the database of long non-coding RNAs was created from 12 available databases. Samples were successfully mapped to this database and differentially expressed transcripts were discovered. For obtained differentially expressed long non-coding RNAs, possible miRNA interactions were predicted with respect to conservation of miRNAs seed regions. The results of this thesis are identified highly expressed long non-coding RNAs and their potential miRNA interactions that can play an important role in a chronic lymphocytic leukemia. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Marek Mráz |
| Fyzický popis: | vii, 62 listů |