Development of virtual screening for high-affinity ligand search
Virtuální screening (VS) je populární metodou pro selekci potenciálních léčiv v počáteční fázi procesu objevování nových léků. Využívá počítačové programy k předpovědi vazebných afinit ligandů k cílovému receptoru. Kombinací VS s experimentálním testováním se výrazně šetří náklady a čas potřebný k i...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/356979/prif_m_b1/ |
| Shrnutí: | Virtuální screening (VS) je populární metodou pro selekci potenciálních léčiv v počáteční fázi procesu objevování nových léků. Využívá počítačové programy k předpovědi vazebných afinit ligandů k cílovému receptoru. Kombinací VS s experimentálním testováním se výrazně šetří náklady a čas potřebný k identifikaci nových léčiv. Tato práce je zaměřena na vývoj nástrojů na zvýšení rychlosti a přesnosti VS experimentů. Nově vyvinuté nástroje jsou následně aplikované ve VS potenciálních inhibitorů lektinu PA-IIL, derivátů pyranosy a furanosy. PA-IIL je lektin bakterie Pseudomonas aeruginosa, který specificky váže fukosu a hraje roli v adhezi bakterie na hostitelské tkáně a v tvorbě biofilmů. Ve VS experimentu bylo nejprve 22 800 různých derivátů furanosy a pyranosy zadokováno do vazebného místa diméru PA-IIL prostřednictvím AutoDock: Vina. Následně byly reskórované dvěma různými semiempirickými Hamiltoniány MOPACu, PM6-DH2 a PM7 . Celkově byly vyvinuty dva programy, H-rotator a CutProt. Virtual screening (VS) is an important and popular method for selection of candidate lead molecules in early stage of drug discovery process. It uses computer programs to predict binding affinities of ligands to a target receptor. Combination of VS with experimental high-throughput screening significantly reduce both cost and time required for identification of novel lead compounds. This work focuses on development of the tools for improving the speed as well as accuracy of VS experiments. Newly developed tools are consequently applied in VS of potential PA-IIL lectin inhibitors, furanose and pyranose derivatives. PA-IIL is fucose-binding lectin from Pseudomonas aeruginosa that plays role in adhesion of the bacteruim to the host tissues as well as in the biofilm formation. In VS experiment, 22 800 of different derivatives of furanose and pyranose were firstly docked into PA-IIL dimer via AutoDock: Vina, and then rescored by two different semiempirical MOPAC Hamiltonians, PM6-DH2 and PM7. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Petr Kulhánek |
| Fyzický popis: | 80 l. + 1 CD-ROM |