Development of virtual screening for high-affinity ligand search - Medvecký, Matej (2014)
Virtuální screening (VS) je populární metodou pro selekci potenciálních léčiv v počáteční fázi procesu objevování nových léků. Využívá počítačové programy k předpovědi vazebných afinit ligandů k cílovému receptoru. Kombinací VS s experimentálním testováním se výrazně šetří náklady a čas potřebný k identifikaci nových léčiv. Tato práce je zaměřena na vývoj nástrojů na zvýšení rychlosti a přesnosti VS experimentů. Nově vyvinuté nástroje jsou následně aplikované ve VS potenciálních inhibitorů lektinu PA-IIL, derivátů pyranosy a furanosy. PA-IIL je lektin bakterie Pseudomonas aeruginosa, který specificky váže fukosu a hraje roli v adhezi bakterie na hostitelské tkáně a v tvorbě biofilmů. Ve VS experimentu bylo nejprve 22 800 různých derivátů furanosy a pyranosy zadokováno do vazebného místa diméru PA-IIL prostřednictvím AutoDock: Vina. Následně byly reskórované dvěma různými semiempirickými Hamiltoniány MOPACu, PM6-DH2 a PM7 . Celkově byly vyvinuty dva programy, H-rotator a CutProt.