Identification and classification of nucleic acids conformations
V předložené práci je za pomocí moderních metod hustotního funkcionálu studována variace izotropních chemických posunů jader guaninu podél koordináty přechodu mezi B-DNA a A-DNA. Za účelem dekompozice rozdílů chemických posunů do jednotlivých příspěvků byla vytvořena sada speciálních modelových syst...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/175116/prif_m_b1/ |
| Shrnutí: | V předložené práci je za pomocí moderních metod hustotního funkcionálu studována variace izotropních chemických posunů jader guaninu podél koordináty přechodu mezi B-DNA a A-DNA. Za účelem dekompozice rozdílů chemických posunů do jednotlivých příspěvků byla vytvořena sada speciálních modelových systémů M_n. V závěru práce je navržen robustní, spolehlivý a na stacking interakci dostatečně citlivý marker B-A přechodu, tzv. super-posun d(S). Z naměřené hodnoty d(S) je možné jednoznačně rozlišit B-DNA a A-DNA konformační substavy, a to na základě vzájemného uspořádání stackovaných nukleobází. In the present study a variation of the guanine nuclei isotropic chemical shifts along the B-DNA <-> A-DNA transition pathway is studied using the state-of-the-art density functional theory (DFT) methods. Throughout the thesis several specially designed M_n model systems have been exploited for the purpose of decomposing chemical shift differences between B-DNA and A-DNA into various contributions. Finally a robust, reliable, and sufficiently stacking interaction-sensitive B-A transition marker called the chemical super-shift d(S) is proposed. According to the measured d(S) values, B-DNA and A-DNA conformational substates can be unequivocally discriminated on the basis of the nucleobases stacking arrangement. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Karel Kubíček |
| Fyzický popis: | viii, 108 l. + 1 CD-ROM |