Nábojové deskriptory a jejich využití pro výpočet pKa

Jednou z velkých chemoinformatických výzev je predikce disociačních konstant (pKa) molekul. Tyto hodnoty jsou velmi zajímavé pro chemický, biologický a enviromentání výzkum, protože různé důležité fyzikálně-chemické vlastnosti molekul jsou závislé na pKa. Slibnou metodikou pro predikci pKa je výpoče...

Celý popis

Uloženo v:
Podrobná bibliografie
Hlavní autor: Oľha, Jaroslav (Autor práce)
Další autoři: Svobodová Vařeková, Radka, 1977- (Vedoucí práce)
Typ dokumentu: VŠ práce nebo rukopis
Jazyk:Angličtina
Vydáno: 2013
Témata:
aproximace modulů
Delaunayho triangulace
disociační konstanta
EEM
molekuly
vizualizace nábojů
vizualizace (počítačová grafika)
molecules
visualization (computer graphics)
bakalářské práce
On-line přístup:http://is.muni.cz/th/348646/prif_b/
Obálka
LEADER 07290ctm a22012617a 4500
001 MUB01000864039
003 CZ BrMU
005 20131030101226.0
008 130622s2013 xr ||||| |||||||||||eng d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
035 |a (ISMU-VSKP)244000 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD035 
072 7 |a 544  |x Fyzikální chemie  |2 Konspekt  |9 10 
080 |a 54-122  |2 MRF 
080 |a 544.112-122  |2 MRF 
100 1 |a Oľha, Jaroslav  |% UČO 348646  |* [absolvent PřírF MU]  |4 dis 
245 1 0 |a Nábojové deskriptory a jejich využití pro výpočet pKa  |h [rukopis] /  |c Jaroslav Oľha 
246 1 1 |a Charge descriptors and their application for pKa calculation 
260 |c 2013 
300 |a 41 l. :  |b il. +  |e 1 CD-ROM 
500 |a Vedoucí práce: Radka Svobodová Vařeková 
502 |a Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 
520 2 |a Jednou z velkých chemoinformatických výzev je predikce disociačních konstant (pKa) molekul. Tyto hodnoty jsou velmi zajímavé pro chemický, biologický a enviromentání výzkum, protože různé důležité fyzikálně-chemické vlastnosti molekul jsou závislé na pKa. Slibnou metodikou pro predikci pKa je výpočet pKa s využitím Delaunayho triangulace a empirických parciálních atomových nábojů molekuly. Jedním z cílů práce bylo implementovat tuto metodiku a analyzovat její výsledky. Při práci s parciálními atomovými náboji je velmi užitečnou pomůckou možnost jejich vizualizace. Takto jsme schopni rychle nalézt chemicky zajímavé oblasti molekuly, studovat trendy v rámci větších sad molekul nebo odhalit chybně vypočítané náboje. Většina současných softwarových balíků pro vizualizaci nábojů má však pouze limitovanou funkcionalitu. Tato problematika je druhou oblastí, na jejíž řešení sa zaměřuje tato práce. V rámci práce byla nejdříve věnována pozornost prvnímu z úkolů - predikci pKa. Byl navrhnut alg  |% cze 
520 2 9 |a One of the challenges facing chemoinformatics today is prediction of acid dissociation constants of molecules (pKa). These values are very interesting for chemical, biological and environmental research, because various important physically-chemical properties of molecules depend on their pKa. A promising method of pKa prediction is calculation using Delaunay triangulation and empirical partial atomic charges of a molecule. One of the goals of this thesis was implementation of this method and analysis of its results. A very helpful tool for work with partial atomic charges is the visualization of these charges. When partial charges are visualized, it is easier to quickly find chemically interesting areas within a molecule, analyse trends in larger sets of molecules or discover miscalculated charges. However, most of today's software tools for partial charge visualization only offer a limited functionality. This is the second area this thesis investigated. The first focus of this thes  |9 eng 
655 7 |a bakalářské práce  |7 fd132403  |2 czenas 
658 |a Biochemie  |b Chemoinformatika a bioinformatika  |c PřF B-BCH CHI (CHI)  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a aproximace modulů  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a Delaunayho triangulace  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a disociační konstanta  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a EEM  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a molekuly  |7 ph122950  |2 czenas 
650 0 7 |a vizualizace nábojů  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a vizualizace (počítačová grafika)  |7 ph127121  |2 czenas 
650 0 9 |a molecules  |2 eczenas 
650 0 9 |a visualization (computer graphics)  |2 eczenas 
700 1 |a Svobodová Vařeková, Radka,  |d 1977-  |7 mub2010609307  |% UČO 4056  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Národní centrum pro výzkum biomolekul  |7 kn20100614011  |4 dgg 
856 4 1 |u http://is.muni.cz/th/348646/prif_b/ 
CAT |c 20130622  |l MUB01  |h 0422 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20131030  |l MUB01  |h 1012 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140212  |l MUB01  |h 1326 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140417  |l MUB01  |h 1230 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1333 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1350 
CAT |c 20140911  |l MUB01  |h 1612 
CAT |c 20140912  |l MUB01  |h 1106 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20141104  |l MUB01  |h 1320 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20150107  |l MUB01  |h 1127 
CAT |a BATCH-UPD  |b 02  |c 20150418  |l MUB01  |h 0206 
CAT |c 20150703  |l MUB01  |h 1223 
CAT |c 20150901  |l MUB01  |h 1450 
CAT |c 20150921  |l MUB01  |h 1411 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20151203  |l MUB01  |h 1045 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20151226  |l MUB01  |h 0408 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20180806  |l MUB01  |h 1723 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20180828  |l MUB01  |h 0911 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20181106  |l MUB01  |h 0732 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190105  |l MUB01  |h 1433 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190228  |l MUB01  |h 1419 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190605  |l MUB01  |h 1343 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190620  |l MUB01  |h 0746 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 0849 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1210 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1218 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1134 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1137 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200323  |l MUB01  |h 1958 
CAT |c 20201005  |l MUB01  |h 1143 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1125 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1126 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201112  |l MUB01  |h 0514 
CAT |a PTICHAX  |b 02  |c 20210131  |l MUB01  |h 1332 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210217  |l MUB01  |h 2156 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1004 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1953 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20210724  |l MUB01  |h 1222 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210819  |l MUB01  |h 1812 
CAT |a REPISOVA  |b 02  |c 20211111  |l MUB01  |h 1611 
CAT |c 20220114  |l MUB01  |h 1647 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220324  |l MUB01  |h 2121 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220811  |l MUB01  |h 2150 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220929  |l MUB01  |h 2118 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221004  |l MUB01  |h 0159 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221220  |l MUB01  |h 0136 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230228  |l MUB01  |h 0105 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230314  |l MUB01  |h 2021 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2352 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2354 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230730  |l MUB01  |h 2154 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230910  |l MUB01  |h 2311 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231013  |l MUB01  |h 0910 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231110  |l MUB01  |h 0959 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231212  |l MUB01  |h 0014 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240202  |l MUB01  |h 2101 
CAT |c 20240209  |l MUB01  |h 1157 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240313  |l MUB01  |h 0025 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240415  |l MUB01  |h 0036 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240519  |l MUB01  |h 0019 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240613  |l MUB01  |h 2039 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240701  |l MUB01  |h 2141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240729  |l MUB01  |h 2338 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 KUK  |a Knihovna univ. kampusu  |2 SKLAD  |b KUK - sklad  |3 PřF-K-9272  |5 3285005947  |8 20131031  |f 71  |f Prezenční SKLAD  |r 20131031  |s převod 
AVA |a MED50  |b KUK  |c KUK - sklad  |d PřF-K-9272  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0  |j SKLAD 

Podobné jednotky