Nábojové deskriptory a jejich využití pro výpočet pKa - Oľha, Jaroslav (2013)
Jednou z velkých chemoinformatických výzev je predikce disociačních konstant (pKa) molekul. Tyto hodnoty jsou velmi zajímavé pro chemický, biologický a enviromentání výzkum, protože různé důležité fyzikálně-chemické vlastnosti molekul jsou závislé na pKa. Slibnou metodikou pro predikci pKa je výpočet pKa s využitím Delaunayho triangulace a empirických parciálních atomových nábojů molekuly. Jedním z cílů práce bylo implementovat tuto metodiku a analyzovat její výsledky. Při práci s parciálními atomovými náboji je velmi užitečnou pomůckou možnost jejich vizualizace. Takto jsme schopni rychle nalézt chemicky zajímavé oblasti molekuly, studovat trendy v rámci větších sad molekul nebo odhalit chybně vypočítané náboje. Většina současných softwarových balíků pro vizualizaci nábojů má však pouze limitovanou funkcionalitu. Tato problematika je druhou oblastí, na jejíž řešení sa zaměřuje tato práce. V rámci práce byla nejdříve věnována pozornost prvnímu z úkolů - predikci pKa. Byl navrhnut alg