Nábojové deskriptory a jejich využití pro výpočet pKa - Oľha, Jaroslav; Svobodová Vařeková, Radka, 1977-; Masarykova univerzita. Národní centrum pro výzkum biomolekul (2013)
Jednou z velkých chemoinformatických výzev je predikce disociačních konstant (pKa) molekul. Tyto hodnoty jsou velmi zajímavé pro chemický, biologický a enviromentání výzkum, protože různé důležité fyzikálně-chemické vlastnosti molekul jsou závislé na pKa. Slibnou metodikou pro predikci pKa je výpočet pKa s využitím Delaunayho triangulace a empirických parciálních atomových nábojů molekuly. Jedním z cílů práce bylo implementovat tuto metodiku a analyzovat její výsledky. Při práci s parciálními atomovými náboji je velmi užitečnou pomůckou možnost jejich vizualizace. Takto jsme schopni rychle nalézt chemicky zajímavé oblasti molekuly, studovat trendy v rámci větších sad molekul nebo odhalit chybně vypočítané náboje. Většina současných softwarových balíků pro vizualizaci nábojů má však pouze limitovanou funkcionalitu. Tato problematika je druhou oblastí, na jejíž řešení sa zaměřuje tato práce. V rámci práce byla nejdříve věnována pozornost prvnímu z úkolů - predikci pKa. Byl navrhnut alg
One of the challenges facing chemoinformatics today is prediction of acid dissociation constants of molecules (pKa). These values are very interesting for chemical, biological and environmental research, because various important physically-chemical properties of molecules depend on their pKa. A promising method of pKa prediction is calculation using Delaunay triangulation and empirical partial atomic charges of a molecule. One of the goals of this thesis was implementation of this method and analysis of its results. A very helpful tool for work with partial atomic charges is the visualization of these charges. When partial charges are visualized, it is easier to quickly find chemically interesting areas within a molecule, analyse trends in larger sets of molecules or discover miscalculated charges. However, most of today's software tools for partial charge visualization only offer a limited functionality. This is the second area this thesis investigated. The first focus of this thes
Vedoucí práce: Radka Svobodová Vařeková
Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013
Keywords: bakalářské práce; aproximace modulů; Delaunayho triangulace; disociační konstanta; EEM; molekuly; vizualizace nábojů; vizualizace (počítačová grafika); molecules; visualization (computer graphics)