Algoritmická analýza struktury vazebných míst cukrů

Díky vysoce efektivním metodám strukturální analýzy máme dostupný velký počet dat, která se týkají 3D struktury proteinů. V této práci studujeme strukturní motivy vazebných míst cukrů v proteinech a možnosti využití algoritmických přístupů pro toto studium. Práce obsahuje obecnou analýzu výskytu ami...

Celý popis

Uloženo v:
Podrobná bibliografie
Hlavní autor: Hanušovský, Lukáš (Autor práce)
Další autoři: Svobodová Vařeková, Radka, 1977- (Vedoucí práce)
Typ dokumentu: VŠ práce nebo rukopis
Jazyk:Angličtina
Vydáno: 2013
Témata:
bílkoviny
sacharidy
superimpozice
carbohydrates
proteins
superimposition
diplomové práce
On-line přístup:http://is.muni.cz/th/324049/prif_m/
Obálka
LEADER 07092ctm a22012137a 4500
001 MUB01000862767
003 CZ BrMU
005 20130904095711.0
008 130615s2013 xr ||||| |||||||||||eng d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
035 |a (ISMU-VSKP)243933 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD035 
072 7 |a 577  |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika  |2 Konspekt  |9 2 
080 |a 547.454  |2 MRF 
080 |a 577.112  |2 MRF 
080 |a 577.114  |2 MRF 
100 1 |a Hanušovský, Lukáš  |% UČO 324049  |* [absolvent PřírF MU]  |4 dis 
242 1 0 |a Algoritmic structural analysis of sugar binding sites  |y eng 
245 1 0 |a Algoritmická analýza struktury vazebných míst cukrů  |h [rukopis] /  |c Lukáš Hanušovský 
260 |c 2013 
300 |a x, 40 l. :  |b il. +  |e 1 CD-ROM. 
500 |a Vedoucí práce: Radka Svobodová Vařeková 
502 |a Diplomová práce (Mgr.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 
520 2 |a Díky vysoce efektivním metodám strukturální analýzy máme dostupný velký počet dat, která se týkají 3D struktury proteinů. V této práci studujeme strukturní motivy vazebných míst cukrů v proteinech a možnosti využití algoritmických přístupů pro toto studium. Práce obsahuje obecnou analýzu výskytu aminokyselin v okolí cukrů. Dále pokračuje aplikací kombinatorického algoritmu při hledání skupin podobných aminokyselin v rámci vazebných míst cukrů. Na závěr práce je realizováno vyhledávání podobných vazebných míst cukrů s pomocí heirarchického clusteringu. Výsledky analýz ukazují, jaké aminokyseliny jsou nejčastější v okolí cukru. Dalším výsledkem analýz jsou konkrétní proteinové strukturní motivy, které jsou obsaženy ve více různých proteinech a mají podobnou strukturu. Tyto výsledky ukazují, že algoritmická analýza vazebných míst cukrů je nástrojem, který může sloužit ke studiu vztahu mezi strukturou a funkcí proteinu. Součástí práce byl i vývoj softwarového nástroje Residue Digger, který  |% cze 
520 2 9 |a Thanks to the highly efficient methods of structural analysis, we have available a large amount of data pertaining to 3D structures of proteins. In this thesis we study the structural motifs of sugar binding sites and possibility of using the algorithmic approaches for this study. The work contains a general analysis of amino acids occurrence in the environment of sugar. Then it continues with the application of combinatorial algorithm that searches the similar groups of amino acids within the sugar binding sites. At the end of work is implemented the searching for similar sugar binding sites with the help of Hierarchical clustering. The results of an analysis show, what amino acids are most frequent in the environment of sugar. The next result of an analysis are concrete protein structural motifs, which are contained in several different proteins and have similar structure. These results demonstrate that algorithmic analysis of sugar binding sites is an instrument, which could serve u  |9 eng 
650 0 7 |a bílkoviny  |7 ph119082  |2 czenas 
650 0 7 |a sacharidy  |7 ph125399  |2 czenas 
650 0 7 |a superimpozice  |2 CZ-BrMU 
650 0 9 |a carbohydrates  |2 eczenas 
650 0 9 |a proteins  |2 eczenas 
650 0 9 |a superimposition  |2 eCZ-BrMU 
655 7 |a diplomové práce  |7 fd132022  |2 czenas 
658 |a Biochemie  |c PřF N-BCH CHI  |2 CZ-BrMU 
700 1 |a Svobodová Vařeková, Radka,  |d 1977-  |7 mub2010609307  |% UČO 4056  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Národní centrum pro výzkum biomolekul  |7 kn20100614011  |4 dgg 
856 4 1 |u http://is.muni.cz/th/324049/prif_m/ 
CAT |c 20130615  |l MUB01  |h 0421 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20130626  |l MUB01  |h 1002 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20130626  |l MUB01  |h 1139 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20130702  |l MUB01  |h 1122 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20130904  |l MUB01  |h 0957 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140212  |l MUB01  |h 1326 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140417  |l MUB01  |h 1230 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1333 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1349 
CAT |c 20140911  |l MUB01  |h 1612 
CAT |c 20140912  |l MUB01  |h 1106 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20141104  |l MUB01  |h 1320 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20150107  |l MUB01  |h 1127 
CAT |c 20150901  |l MUB01  |h 1450 
CAT |c 20150921  |l MUB01  |h 1411 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20151203  |l MUB01  |h 1045 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20151226  |l MUB01  |h 0406 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20180806  |l MUB01  |h 1723 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20180828  |l MUB01  |h 0911 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20181106  |l MUB01  |h 0732 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190105  |l MUB01  |h 1433 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190228  |l MUB01  |h 1419 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190605  |l MUB01  |h 1343 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190620  |l MUB01  |h 0746 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 0849 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1210 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1218 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1134 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1137 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200323  |l MUB01  |h 1958 
CAT |c 20201005  |l MUB01  |h 1143 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1125 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1126 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201112  |l MUB01  |h 0514 
CAT |a PTICHAX  |b 02  |c 20210131  |l MUB01  |h 1332 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210217  |l MUB01  |h 2156 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1004 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1952 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20210724  |l MUB01  |h 1221 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210819  |l MUB01  |h 1812 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220324  |l MUB01  |h 2121 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220811  |l MUB01  |h 2150 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220929  |l MUB01  |h 2118 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221004  |l MUB01  |h 0159 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221220  |l MUB01  |h 0136 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230228  |l MUB01  |h 0105 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230314  |l MUB01  |h 2021 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2352 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2354 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230730  |l MUB01  |h 2154 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230910  |l MUB01  |h 2311 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231013  |l MUB01  |h 0910 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231110  |l MUB01  |h 0959 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231212  |l MUB01  |h 0014 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240202  |l MUB01  |h 2101 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240313  |l MUB01  |h 0025 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240415  |l MUB01  |h 0036 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240519  |l MUB01  |h 0019 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240613  |l MUB01  |h 2039 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240701  |l MUB01  |h 2141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240729  |l MUB01  |h 2337 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 KUK  |a Knihovna univ. kampusu  |2 SKLAD  |b KUK - sklad  |3 PřF-2013-K-9087  |5 3285005790  |8 20130702  |f 71  |f Prezenční SKLAD  |r 20130702  |s převod 
AVA |a MED50  |b KUK  |c KUK - sklad  |d PřF-2013-K-9087  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0  |j SKLAD 

Podobné jednotky