Algoritmická analýza struktury vazebných míst cukrů - Hanušovský, Lukáš (2013)
Díky vysoce efektivním metodám strukturální analýzy máme dostupný velký počet dat, která se týkají 3D struktury proteinů. V této práci studujeme strukturní motivy vazebných míst cukrů v proteinech a možnosti využití algoritmických přístupů pro toto studium. Práce obsahuje obecnou analýzu výskytu aminokyselin v okolí cukrů. Dále pokračuje aplikací kombinatorického algoritmu při hledání skupin podobných aminokyselin v rámci vazebných míst cukrů. Na závěr práce je realizováno vyhledávání podobných vazebných míst cukrů s pomocí heirarchického clusteringu. Výsledky analýz ukazují, jaké aminokyseliny jsou nejčastější v okolí cukru. Dalším výsledkem analýz jsou konkrétní proteinové strukturní motivy, které jsou obsaženy ve více různých proteinech a mají podobnou strukturu. Tyto výsledky ukazují, že algoritmická analýza vazebných míst cukrů je nástrojem, který může sloužit ke studiu vztahu mezi strukturou a funkcí proteinu. Součástí práce byl i vývoj softwarového nástroje Residue Digger, který