Struktura, funkce a evoluce halogenalkandehalogenas

Halogenalkandehalogenasy jsou enzymy, které katalyzují hydrolytický rozklad řady halogenovaných uhlovodíků. Tyto enzymy jsou často používány jako modelové systémy pro výzkum základních principů enzymové katalýzy a díky svým vlastnostem také nabízí řadu potenciálních praktických aplikací. První část...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Harnoš, Jakub (Dissertant)
Other Authors: Šebestová, Eva, 1980- (Thesis advisor)
Format: Thesis Manuscript
Language:Czech
Published: 2011
Subjects:
Online Access:http://is.muni.cz/th/324015/prif_b/
Cover Image
Description
Summary:Halogenalkandehalogenasy jsou enzymy, které katalyzují hydrolytický rozklad řady halogenovaných uhlovodíků. Tyto enzymy jsou často používány jako modelové systémy pro výzkum základních principů enzymové katalýzy a díky svým vlastnostem také nabízí řadu potenciálních praktických aplikací. První část bakalářské práce shrnuje aktuální informace o struktuře, funkci a evoluci halogenalkandehalogenas. Druhá část práce je pak věnována možnostem rozšíření dosavadních znalostí o této proteinové rodině za pomocí studie zaměřené na rekonstrukci sekvence předka. V práci jsou přiblíženy statistické přístupy a výpočetní programy používané pro předpověď sekvence předka in silico. Vybrané programy byly otestovány při předpovědi sekvence předka halogenalkandehalogenas DbeA a DbjA. V závěru jsou pak diskutovány odlišnosti mezi výsledky jednotlivých metod a problematika nejednoznačných předpovědí. Metodologie pro předpověď sekvence předka a informace o použitelnosti a limitacích jednotlivých nástrojů, kt
Haloalkane dehalogenases are enzymes that catalyze hydrolytic cleavage of the carbon-halogen bond in a wide range of halogenated compounds. These enzymes are often used as model systems to study principles of enzyme catalysis and also have a number of potential practical applications. The first part of the bachelor thesis summarizes current knowledge about structure, function and evolution of haloalkane dehalogenases. The second part is focused on the possibility to reconstruct ancestral sequences of selected haloalkane dehalogenases and thereby extend the knowledge about this protein family. Statistical approaches and programs for the in silico prediction of the ancestral sequences are described. Selected programs were used to predict the ancestral sequence of haloalkane dehalogenases DbeA and DbjA. Differences between results obtained from individual programs and prediction reliability are discussed. Described methodology and information about advantages and limitations of individual
Item Description:Vedoucí práce: Eva Chovancová
Physical Description:40 l. : il.