Struktura, funkce a evoluce halogenalkandehalogenas - Harnoš, Jakub (2011)
Halogenalkandehalogenasy jsou enzymy, které katalyzují hydrolytický rozklad řady halogenovaných uhlovodíků. Tyto enzymy jsou často používány jako modelové systémy pro výzkum základních principů enzymové katalýzy a díky svým vlastnostem také nabízí řadu potenciálních praktických aplikací. První část bakalářské práce shrnuje aktuální informace o struktuře, funkci a evoluci halogenalkandehalogenas. Druhá část práce je pak věnována možnostem rozšíření dosavadních znalostí o této proteinové rodině za pomocí studie zaměřené na rekonstrukci sekvence předka. V práci jsou přiblíženy statistické přístupy a výpočetní programy používané pro předpověď sekvence předka in silico. Vybrané programy byly otestovány při předpovědi sekvence předka halogenalkandehalogenas DbeA a DbjA. V závěru jsou pak diskutovány odlišnosti mezi výsledky jednotlivých metod a problematika nejednoznačných předpovědí. Metodologie pro předpověď sekvence předka a informace o použitelnosti a limitacích jednotlivých nástrojů, kt