Studium konformačního chování peptidů metodami molekulového modelování
Předložená práce diskutuje množství dostupných informací o struktuře, konformačních fluktuacích a interkonverzích monomerních, oligomerních a fibrilárních Aβ species a v návaznosti aplikuje metody molekulového modelování ke konformačnímu studiu dynamiky sekvenčně odlišných Aβ monomerních peptidů, li...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2010
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/211504/prif_b/ |
| Shrnutí: | Předložená práce diskutuje množství dostupných informací o struktuře, konformačních fluktuacích a interkonverzích monomerních, oligomerních a fibrilárních Aβ species a v návaznosti aplikuje metody molekulového modelování ke konformačnímu studiu dynamiky sekvenčně odlišných Aβ monomerních peptidů, lidského Aβ(1-42)hum a mutantního Aβ(1-42)mut, v solventu s variabilní iontovou silou, včetně reverzní sekvence Aβ(1-42)rev. Molekulově dynamické simulace Aβ(1-42)hum a Aβ(1-42)mut odhalily velice stabilní α-helikální region mezi residui Tyr10 (resp. Phe10) a Ala21, nacházející se v hydrofobním centru obou monomerních peptidů, bez ohledu na iontovou sílu prostředí. C-terminální konec Aβ(1-42)mut vykazuje v důsledku zvýšené četnosti 310-helikálních konformací nižší flexibilitu než Aβ(1-42)hum. V C-terminální oblasti Aβ(1-42)hum peptidu v solventu s nulovou, v menší míře i fyziologickou, iontovou silou byly pozorovány krátké β-sheety, vykazující velmi nízkou stabilitu. Torzní analýzou byla ... Presented thesis summarizes current state of knowledge in structure, conformational fluctuations and interconversions of monomeric, oligomeric and fibrilar Aβ species. In order to determine conformational behaviour of monomeric Aβ, molecular modeling methods were applied, focusing on molecular dynamics simulation of human Aβ(1-42)hum and mutated Aβ(1-42)mut peptide in explicit solvent with different ionic strength. In addition, simulations of reversed Aβ(1-42) sequence were performed. It has been found very stable α-helical region, spaning residues 10 to 21, within central hydrophobic core of both Aβ(1-42)hum and Aβ(1-42)mut peptides. In comparison with human Aβ(1-42), Aβ(1-42)mut C-terminal end shows increased abundance of 310-helical elements and thus lesser flexibility. Small metastable β-sheets located near the C-end of Aβ(1-42)hum in 0 ionic strength (and in lesser content also in physiological conditions) were found. Torsion analysis revealed higher propensity of C-terminal resid... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Zdeněk Kříž |
| Fyzický popis: | 65 l. |