Zavedenie metódy chromatínovej imunoprecipitácie pre analýzu epigenetických zmien chromatínu
Náplňou predkladanej diplomovej práce bolo zavedenie metódy chromatínovej imunoprecipitácie, na pozadí experimentálnej liečby spinálnej muskulárnej atrofie. Ďalšou úlohou bolo sledovať účinky vybraných inhibítorov HDAC - potenciálnych liečiv SMA, na úroveň expresie génov SMN2, Htra2-β1 a hnRNP-G a z...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Slovenština |
| Vydáno: |
2009
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/150784/prif_m/ |
| Shrnutí: | Náplňou predkladanej diplomovej práce bolo zavedenie metódy chromatínovej imunoprecipitácie, na pozadí experimentálnej liečby spinálnej muskulárnej atrofie. Ďalšou úlohou bolo sledovať účinky vybraných inhibítorov HDAC - potenciálnych liečiv SMA, na úroveň expresie génov SMN2, Htra2-β1 a hnRNP-G a zároveň zmapovať účinky iHDAC Valproátu sodného pomocou mRNA čipovej analýzy. Na pracovisko Centra molekulární biologie a genové terapie vo Fakultnej nemocni bola úspešne zavedená a zoptimalizovaná metóda chromatínovej imunoprecipitácie. Táto metóda si už v súčasnosti na danom pracovisku našla svoje uplatnenie pri sledovaní účinkov statinov - liečiv používaných na znížovanie cholesterolu v krvi. Pomocou real-time PCR bolo sledované pôsobenie vybraných inhibítorov HDAC - valproátu sodného (VPA) a benzamidu M344 na úroveň expresie obecných zostrihových faktorov Htra 2 - β1 a hnRNP-G. Real-time PCR analýzou bolo zistené, že po pôsobení VPA a M344 dochádzalo k poklesu transkripcie oboch sledovaný. The purpose of this thesis was to implement chromatin immunoprecipitation (Ch-IP) method on the basis of the experimental treatment of Spinal muscular atrophy (SMA). Another aims was to study effects of histondeacetylase inhibitors (iHDAC), namely valproate (VPA), benzamide M344, scriptaid and other potential therapeutics - hydroxyurea and kinetin, on SMN2, Htra2-β1 and hnRNP-G and analyze valproate effects on gene expression in general, using mRNA microarray method. We accomplished the implementation and optimalization of Chromatin immunoprecipitation method on Department Centre of molecular biology and gene therapy. After our implementation this method is already successfully used as a tool for studying epigenetic effects of statin treatment. Using real-time PCR method we studied incidence of chosen histondeacetylase inhibitors, VPA and benzamid M344, on SMN2, Htra2-β1 and hnRNP-G gene expression level. We observed that after VPA and M344 treatment decreased level of mRNA of these st. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Lenka Fajkusová |
| Fyzický popis: | 80 l. |