Rule-based Modelling of Biochemical Processes: Specification and Analysis /
Modelovanie v systémovej biológii je kľúčovým nástrojom pri skúmaní študovaných systémov. Existuje mnoho prístupov k modelovaniu, medzi ktorými prepisovanie poskytuje vhodný mechanistický prístup na popisovanie systémov. Medzi prepisovacie formalizmy vhodné a osvedčené pre modelovanie v biológii pat...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2023
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | https://is.muni.cz/th/m3qym/ |
| LEADER | 04764ctm a22006617i 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01006521422 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20241128133525.0 | ||
| 008 | 230614s2023 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2024-07-15 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)310496 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD018 |e rda | ||
| 072 | 7 | |a 004 |x Počítačová věda. Výpočetní technika. Informační technologie |2 Konspekt |9 23 | |
| 072 | 7 | |a 57 |x Obecná biologie |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 004 |2 MRF | ||
| 080 | |a 57/59 |2 MRF | ||
| 080 | |a 004.94 |2 MRF | ||
| 080 | |a 004.052.42 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Troják, Matej |% UČO 410129 |* [absolvent FI MU] |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Rule-based Modelling of Biochemical Processes: Specification and Analysis |y eng |
| 245 | 1 | 0 | |a Rule-based Modelling of Biochemical Processes: Specification and Analysis / |c Matej Troják |
| 264 | 0 | |c 2023 | |
| 300 | |a xv, 182 stran : |b ilustrace | ||
| 336 | |a text |b txt |2 rdacontent | ||
| 337 | |a bez média |b n |2 rdamedia | ||
| 338 | |a svazek |b nc |2 rdacarrier | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Luboš Brim | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Fakulta informatiky, 2023 | ||
| 520 | 2 | |a Modelovanie v systémovej biológii je kľúčovým nástrojom pri skúmaní študovaných systémov. Existuje mnoho prístupov k modelovaniu, medzi ktorými prepisovanie poskytuje vhodný mechanistický prístup na popisovanie systémov. Medzi prepisovacie formalizmy vhodné a osvedčené pre modelovanie v biológii patrí aj tzv. modelovanie založené na pravidlách. Tento prístup využíva abstraktný popis, ktorý umožňuje popísať viacero biologických procesov jedným vzorom (alebo tiež pravidlom), vďaka čomu je zápis kompaktný, stručný a prehľadný. Medzi jazyky vyžívajúce tento modelovací prístup patrí aj tzv. jazyk biochemického priestoru (Biochemical space language), používaný v Comprehensive Modeling Platform. Hlavným cieľom jazyka je reprezentácia spoločnej domény znalostí pre dynamické modely a experimentálne výsledky, čo umožňuje nachádzať medzi nimi prepojenia a súvislosti. Význam platformy, spolu s dôležitou rolou jazyka, bola úspešne demonštrovaný na dvoch prípadových štúdiách, konkrétne na modelovan |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a In systems biology, models play a crucial role in understanding the studied systems. There are many modelling approaches, among which rewriting systems provide a framework for describing systems on a mechanistic level. Besides other formalisms based on rewriting, the rule-based approach is one of the most suitable and well-established for modelling in biology. The approach employs abstraction that enables the grouping of multiple biological processes into a single pattern, making the notation compact and precise. Among many other rule-based languages, BioChemical Space Language is a notation used in Comprehensive Modelling Platform (CMP), with the purpose of representing a common knowledge base for dynamical models and experimental results, allowing to find connections among them easily. The platform was successfully applied in two instances for the modelling of photosynthesis and processes in cyanobacteria, promoting the impact of this approach. In this thesis, we formally establish |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a výpočetní technika |7 ph137273 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a biologie |7 ph114166 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a počítačové modelování |7 ph124513 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a formální verifikace |7 ph755479 |2 czenas |
| 650 | 0 | 9 | |a computer science |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a biology |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a computer modelling |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a formal verification |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 655 | 9 | |a dissertations |2 eczenas | |
| 658 | |a Informatika |b Fundamenty informatiky |c FI D-INF DIFI (DIFI) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Brim, Luboš, |d 1952- |7 ola2003206256 |% UČO 197 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Katedra teorie programování |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u https://is.muni.cz/th/m3qym/ |
| CAT | |c 20230614 |l MUB01 |h 0421 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230629 |l MUB01 |h 0036 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230629 |l MUB01 |h 0037 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230919 |l MUB01 |h 2149 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230919 |l MUB01 |h 2149 | ||
| CAT | |a VESELA |b 02 |c 20240326 |l MUB01 |h 0932 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240405 |l MUB01 |h 2124 | ||
| CAT | |c 20240715 |l MUB01 |h 1015 | ||
| CAT | |a VESELA |b 02 |c 20241119 |l MUB01 |h 1412 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20241128 |l MUB01 |h 1335 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2024-07-15 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 FI |a Fakulta informatiky |2 SKLAD |b sklad |3 Dizertační práce 2023 |5 42005D2768 |8 20240326 |f 72 |f Týdenní |r 20240326 |
| AVA | |a INF50 |b FI |c sklad |d Dizertační práce 2023 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||