Rule-based Modelling of Biochemical Processes: Specification and Analysis - Troják, Matej (2023)
Modelovanie v systémovej biológii je kľúčovým nástrojom pri skúmaní študovaných systémov. Existuje mnoho prístupov k modelovaniu, medzi ktorými prepisovanie poskytuje vhodný mechanistický prístup na popisovanie systémov. Medzi prepisovacie formalizmy vhodné a osvedčené pre modelovanie v biológii patrí aj tzv. modelovanie založené na pravidlách. Tento prístup využíva abstraktný popis, ktorý umožňuje popísať viacero biologických procesov jedným vzorom (alebo tiež pravidlom), vďaka čomu je zápis kompaktný, stručný a prehľadný. Medzi jazyky vyžívajúce tento modelovací prístup patrí aj tzv. jazyk biochemického priestoru (Biochemical space language), používaný v Comprehensive Modeling Platform. Hlavným cieľom jazyka je reprezentácia spoločnej domény znalostí pre dynamické modely a experimentálne výsledky, čo umožňuje nachádzať medzi nimi prepojenia a súvislosti. Význam platformy, spolu s dôležitou rolou jazyka, bola úspešne demonštrovaný na dvoch prípadových štúdiách, konkrétne na modelovan