Charakterizace kandidátních molekul RNA pro templátovou podjednotku telomerázy u rodu Allium /
Cieľom tejto práce je príprava knižníc sekvenácie RNA novej generácie a následná identifikácia kandidátnych RNA molekúl slúžiacich ako podjednotka TR (telomerázová RNA) v telomeráze u rastlín rodu Allium. K riešeniu problému bola použitá metóda izolácie celkovej RNA pomocou TRI Reagent®, rRNA depléc...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Slovenština |
| Vydáno: |
2018
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/dtve1/ |
| Shrnutí: | Cieľom tejto práce je príprava knižníc sekvenácie RNA novej generácie a následná identifikácia kandidátnych RNA molekúl slúžiacich ako podjednotka TR (telomerázová RNA) v telomeráze u rastlín rodu Allium. K riešeniu problému bola použitá metóda izolácie celkovej RNA pomocou TRI Reagent®, rRNA deplécia a následná tvorba knižnice pre sekvenovanie novej generácie (NGS). Ďalším krokom bolo aplikovanie bioinformatických metód. Použitie programu DeconSeq nám pomohlo odhadnúť zvyšnú rRNA vo vzorkách, ktoré boli pred prípravou sekvenačných knižníc depletované a odstrániť ju pomocou vytvorenej databázi. Program CutAdapt odstránil z osekvenovaných dát adaptérové sekvencie. Dôležitým krokom bola optimalizácia spúšťania programu Trinity, ktorý nám vytvoril transkripty, v prostredí výpočtového centra MetaCentrum. Výskum, ktorý sme spravili smeroval k tvorbe NGS knižníc a zároveň k odhaleniu niekoľkých kandidátnych molekúl RNA pre podjednotku TR u rastlín rodu Allium. The aim of this thesis is preparation of next-generation sequencing libraries from RNA followed by identification of candidates RNA molecules that serves as a TR (telomerase RNA) subunit in enzyme telomerase in Allium plants. To solve this problem was used total RNA isolation method by TRI Reagent®, rRNA depletion followed by creating of next generation sequencing (NGS) library. Next step was application of bioinformaic methods. Using program DeconSeq helps us estimate remaining rRNA in samples that was not depleted before preparation of sequencing libraries and remove it with created database. Program CutAdapt removed from sequenced data adapter sequences. Important step was to optimalize executing of program Trinity, that created transcript in enviroment of computing centre MetaCentre. The point of our research was to make NGS libraries and simultaneously was identified some candidates RNA molecules for TR subunit in Allium plants. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Vratislav Peška |
| Fyzický popis: | 68 listů |