Charakterizace kandidátních molekul RNA pro templátovou podjednotku telomerázy u rodu Allium - Dobias, Šimon (2018)
Cieľom tejto práce je príprava knižníc sekvenácie RNA novej generácie a následná identifikácia kandidátnych RNA molekúl slúžiacich ako podjednotka TR (telomerázová RNA) v telomeráze u rastlín rodu Allium. K riešeniu problému bola použitá metóda izolácie celkovej RNA pomocou TRI Reagent®, rRNA deplécia a následná tvorba knižnice pre sekvenovanie novej generácie (NGS). Ďalším krokom bolo aplikovanie bioinformatických metód. Použitie programu DeconSeq nám pomohlo odhadnúť zvyšnú rRNA vo vzorkách, ktoré boli pred prípravou sekvenačných knižníc depletované a odstrániť ju pomocou vytvorenej databázi. Program CutAdapt odstránil z osekvenovaných dát adaptérové sekvencie. Dôležitým krokom bola optimalizácia spúšťania programu Trinity, ktorý nám vytvoril transkripty, v prostredí výpočtového centra MetaCentrum. Výskum, ktorý sme spravili smeroval k tvorbe NGS knižníc a zároveň k odhaleniu niekoľkých kandidátnych molekúl RNA pre podjednotku TR u rastlín rodu Allium.