Validace konformací cyklů v ligandech /
Údaje o štruktúre biomakromolekúl sú veľmi zaujímavým a užitočným zdrojom vedeckých informácii. Na ich základe sú postavené výsledky mnohých dôležitých výskumov, preto je veľmi dôležité overovať kvalitu týchto dát. Vedci sa zameriavajú na validáciu týchto štruktúr už po viac než dve desaťročia, avša...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2018
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/379389/prif_m/ |
| Shrnutí: | Údaje o štruktúre biomakromolekúl sú veľmi zaujímavým a užitočným zdrojom vedeckých informácii. Na ich základe sú postavené výsledky mnohých dôležitých výskumov, preto je veľmi dôležité overovať kvalitu týchto dát. Vedci sa zameriavajú na validáciu týchto štruktúr už po viac než dve desaťročia, avšak niektoré nedostatky stále nie sú kontrolované, napríklad správnosť konformácií nie je vôbec overovaná. Táto diplomová práca sa zameriava na validáciu konformácií cyklohexánových, cyklopentánových a benzénových cyklov. Najprv boli vyvinuté softvérové nástroje, ktoré slúžia na detekciu konformácie cyklov na vstupe. Ďalej bola pripravená sada dát obsahujúca vzorky cyklohexánových, cyklopentánových a benzénových kruhov z PDB databázy, táto dátová sada konkrétne obsahuje 3 292 cyklohexánových kruhov pochádzajúcich zo 436 ligandov, 2 219 cyklopentánových kruhov zo 104 ligandov a 10 036 benzénových kruhov zo 133 ligandov. Data about biomacromolecular structures are very interesting and useful scientific resource and a lot of important research results were discovered based on these data. Therefore, it is very important to validate a quality of the data. Researchers have been focused on validation of the structures more than two decades, but some quality issues are still not covered, for example validation of conformations. This diploma thesis was focused on validation of cyclohexane, cyclopentane and benzene ring conformation. First, a software tools for detection of a conformation of the input ring was developed. Then, it was prepared a data set containing cyclohexane, cyclopentane and benzene samples from Protein Data Bank. Specifically, a data set contains 3,292 cyclohexane rings from 436 ligands, 2,219 cyclopentane rings from 104 ligands and 11,036 benzene rings from 133 ligands. Afterwards, the software was used for analysis of conformations of all rings in the data set. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Radka Svobodová Vařeková |
| Fyzický popis: | 42 listů |