Validace konformací cyklů v ligandech - Pajtinka, Michal (2018)
Údaje o štruktúre biomakromolekúl sú veľmi zaujímavým a užitočným zdrojom vedeckých informácii. Na ich základe sú postavené výsledky mnohých dôležitých výskumov, preto je veľmi dôležité overovať kvalitu týchto dát. Vedci sa zameriavajú na validáciu týchto štruktúr už po viac než dve desaťročia, avšak niektoré nedostatky stále nie sú kontrolované, napríklad správnosť konformácií nie je vôbec overovaná. Táto diplomová práca sa zameriava na validáciu konformácií cyklohexánových, cyklopentánových a benzénových cyklov. Najprv boli vyvinuté softvérové nástroje, ktoré slúžia na detekciu konformácie cyklov na vstupe. Ďalej bola pripravená sada dát obsahujúca vzorky cyklohexánových, cyklopentánových a benzénových kruhov z PDB databázy, táto dátová sada konkrétne obsahuje 3 292 cyklohexánových kruhov pochádzajúcich zo 436 ligandov, 2 219 cyklopentánových kruhov zo 104 ligandov a 10 036 benzénových kruhov zo 133 ligandov.