Rozpoznávání křížových struktur v DNA a jejich analýza in silico /
Křížové struktury patří mezi sekundární struktury DNA. Často se vyskytují v promotorech genů, kde s proteiny regulují nejrůznější buněčné procesy. Existuje několik rodin proteinů, které se vážou spíše na strukturu DNA než na specifické cílové sekvence. Tyto proteiny se dále podílí na opravách DNA, m...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2017
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/436489/prif_b/ |
| Shrnutí: | Křížové struktury patří mezi sekundární struktury DNA. Často se vyskytují v promotorech genů, kde s proteiny regulují nejrůznější buněčné procesy. Existuje několik rodin proteinů, které se vážou spíše na strukturu DNA než na specifické cílové sekvence. Tyto proteiny se dále podílí na opravách DNA, modelování chromatinu, regulace transkripce, regulace replikace DNA a dalších aktivitách v buňce.V této bakalářské práci jsou detekovány sekundární struktury v DNA, konkrétně křížové struktury, pomocí nukleáz S1 a ScaI. Dále byla snaha detekovat tyto struktury i štěpením pomocí Nd3+ iontů. Sekvence schopné tvorby křížových struktur byly zároveň analyzovány i pomocí volně dostupné webové aplikace Palindrom finder. Cruciforms belongs to DNA secondary structures. They are often present in promoters of genes, where they regulate various cellular processes. There are several protein families that bind to DNA structures rather than to specific target sequences. These proteins take part in DNA repair, remodeling of chromatin, transcription regulation, replication regulation and more.In this bachelor thesis I try to detect secondary DNA structures, specifically cruciforms, by S1 and ScaI nucleases. Further there was effort to detect these structures by DNA cleavage by Nd3+ ions. Sequences capable of forming cruciforms were analyzed by freely accessible web application Palindrom finder. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Václav Brázda |
| Fyzický popis: | 40 stran |