Study of protein complexes using molecular modeling methods /
Proteinový komplex SMC5/6 je důležitý při opravě poškozené DNA. Je konzervován u všech eukaryot. Dvě z jeho podjednotek jsou proteiny SMC6 a Nse4. Cílem této diplomové práce bylo studium proteinového komplexu SMC6/Nse4 za pomocí metod molekulového modelování a následně ověření použitelnosti modelu s...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/397189/prif_m/ |
| Shrnutí: | Proteinový komplex SMC5/6 je důležitý při opravě poškozené DNA. Je konzervován u všech eukaryot. Dvě z jeho podjednotek jsou proteiny SMC6 a Nse4. Cílem této diplomové práce bylo studium proteinového komplexu SMC6/Nse4 za pomocí metod molekulového modelování a následně ověření použitelnosti modelu s implicitním solventem pro studium komplexů proteinů. Pro studium komplexu SMC6/Nse4 byly použity tři modely, a to v explicitním solventu, implicitním solventu a implicitním solventu s fixací ramene podjednotky SMC6. Pro analýzy byl využit softwarový balík AMBER. Z výsledků vyplývá, že tento model s implicitním solventem je vhodný po zafixování ramene podjednotky SMC6. The SMC5/6 protein complex is important for the repair of damaged DNA. It is conserved in all eukaryota. Two of its subunits are the proteins SMC6 and Nse4. The aim of this thesis was to study the SMC6/Nse4 protein complex using molecular modelling methods and to verify the possibility of using a model with implicit solvent for studying protein complexes. Three models of the SMC6/Nse4 complex were used, placed in explicit solvent, implicit solvent and implicit solvent with a restraint applied to the arm of the SMC6 subunit. The software package AMBER was used for all analyses. The results indicate that this model in implicit solvent is suitable after the arm of the SMC6 subunit is restrained. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Zdeněk Kříž |
| Fyzický popis: | 72 listů |