Study of protein complexes using molecular modeling methods - Lásková, Veronika (2016)
Proteinový komplex SMC5/6 je důležitý při opravě poškozené DNA. Je konzervován u všech eukaryot. Dvě z jeho podjednotek jsou proteiny SMC6 a Nse4. Cílem této diplomové práce bylo studium proteinového komplexu SMC6/Nse4 za pomocí metod molekulového modelování a následně ověření použitelnosti modelu s implicitním solventem pro studium komplexů proteinů. Pro studium komplexu SMC6/Nse4 byly použity tři modely, a to v explicitním solventu, implicitním solventu a implicitním solventu s fixací ramene podjednotky SMC6. Pro analýzy byl využit softwarový balík AMBER. Z výsledků vyplývá, že tento model s implicitním solventem je vhodný po zafixování ramene podjednotky SMC6.