Bioinformatics tools for the analysis of macromolecular structures /
Bioinformatické nástroje pro analýzu makromolekulárních struktur Počítačová analýza biopolymerů a predikce jejich vlastností jsou důležité pro při jejich výzkumu a biotechnologickém využití. Tato dizertační práce popisuje nové algoritmy a metody pro analýzu struktury a funkce biopolymerů. Volné pros...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2016
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/99207/fi_d/ |
| Shrnutí: | Bioinformatické nástroje pro analýzu makromolekulárních struktur Počítačová analýza biopolymerů a predikce jejich vlastností jsou důležité pro při jejich výzkumu a biotechnologickém využití. Tato dizertační práce popisuje nové algoritmy a metody pro analýzu struktury a funkce biopolymerů. Volné prostory uvnitř makromolekulárních struktur často mají důležitou funkci, jako vázat malé molekuly nebo sloužit k jejich transportu do nebo z vazebného místa. Byla vytvořena nová metoda pro analýzu transportních cest v makromolekulách. Identifikace cest je založena na Voroného diagramu. Dále bylo použito shlukování pro nalezení sobě odpovídajících cest nalezených v různých strukturách, což umožňuje zkoumat vývoj jejich vlastností v čase. Pro analýzu velkých množství struktur byla vyvinuta nová aproximace aglomerativního shlukování metodou průměrné vzdálenosti. Dále byly vyvinuty algoritmy algoritmy pro měření objemu malého omezeného prostoru v dynamických strukturách. Analýza volných prostorů Bioinformatics tools for the analysis of macromolecular structures Computational analysis of biological macromolecules and prediction of their properties are important both for their research and biotechnological applications. This thesis is about the novel algorithms and methods for the analysis of structure and function of biological macromolecules. Voids within macromolecular structure often play essential functional roles, such as the binding of smaller molecules or their transport into or from the binding site. A novel method for the analysis of transport pathways in macromolecules was created. The identification of the pathways is based on Voronoi diagram. Clustering was used to find the correspondence between the pathways from different structures, thus allowing to study the dynamic behaviour of the pathways. Novel approximations of average link agglomerative clustering were developed to allow the analysis of large number of structures. Furthermore, algorithms for the measureme |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Sochor |
| Fyzický popis: | iv, 220 stran |