Bioinformatics tools for the analysis of macromolecular structures - Pavelka, Antonín (2016)
Bioinformatické nástroje pro analýzu makromolekulárních struktur Počítačová analýza biopolymerů a predikce jejich vlastností jsou důležité pro při jejich výzkumu a biotechnologickém využití. Tato dizertační práce popisuje nové algoritmy a metody pro analýzu struktury a funkce biopolymerů. Volné prostory uvnitř makromolekulárních struktur často mají důležitou funkci, jako vázat malé molekuly nebo sloužit k jejich transportu do nebo z vazebného místa. Byla vytvořena nová metoda pro analýzu transportních cest v makromolekulách. Identifikace cest je založena na Voroného diagramu. Dále bylo použito shlukování pro nalezení sobě odpovídajících cest nalezených v různých strukturách, což umožňuje zkoumat vývoj jejich vlastností v čase. Pro analýzu velkých množství struktur byla vyvinuta nová aproximace aglomerativního shlukování metodou průměrné vzdálenosti. Dále byly vyvinuty algoritmy algoritmy pro měření objemu malého omezeného prostoru v dynamických strukturách. Analýza volných prostorů