Sekvenování de novo pro charakterizaci vnitrodruhové a mezidruhové genetické variability rodu Trifolium prostřednictvím DNA markerů /
Rod Trifolium (jetel) je agronomicky významným rodem. Je snahou šlechtitelů zlepšovat výnos či jiné důležité vlastnosti jetele. Účinné šlechtění vychází ze znalosti sekvence genomu, která poskytuje v tomto směru cenné poznatky. Metody sekvenování nové generace umožnily sekvenovat i nemodelové druhy...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2015
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/269506/prif_m/ |
| Shrnutí: | Rod Trifolium (jetel) je agronomicky významným rodem. Je snahou šlechtitelů zlepšovat výnos či jiné důležité vlastnosti jetele. Účinné šlechtění vychází ze znalosti sekvence genomu, která poskytuje v tomto směru cenné poznatky. Metody sekvenování nové generace umožnily sekvenovat i nemodelové druhy rostlin s komplexními genomy, mezi které patří právě i jetel. Tato práce se zabývá využitím markerů SSR a SNP navržených ze sekvence druhu T. pratense, která byla získána sekvenováním metodou Illumina. Bylo validováno 50 markerů SSR. Analýza byla provedena u 15 různých odrůd T. pratense, souboru 17 planých druhů rodu Trifolium a 7 z nich vyšlechtěných odrůd a dále u skupiny 36 jetelových hybridů. Byl zjištěn vysoký polymorfismus a dobrá přenositelnost markerů. Data byla využita pro charakterizaci genetické variability, ke studiu hybridizace a introgrese, sestrojení fylogenetických stromů a k identifikaci odrůd. Dále byla provedena analýza 7 markerů SNP u 5 odrůd T. pratense. Byly navrženy dv The Trifolium genus (clover) is an agronomically important genus. The effort of breeders is to improve yield and other important features of clover. Effective breeding is based on genome sequence, that provides useful information. The next-generation sequencing methods enable to sequence nonmodel plant species, also that with complex genomes. And the clover genus is the one of them. In this thesis the applications of SSR and SNP markers are studied. These markers were developed from the sequence made by Illumina platform. In a total 50 SSR markers were validated. The analysis were performed among 15 varieties of T. pratense, 17 wild Trifolium species and their 7 varieties, and 36 clover hybrids. High polymorphism and transferability of markers were discovered. Subsequently the data were used to characterize genetic variability, to study hybridization and introgression, to construct phylogenetic tree and to identify varieties. The analysis of 5 varieties of T. pratense was carried out u |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jana Řepková |
| Fyzický popis: | 84 listů, 5 nečíslovaných listů příloh : tabulky |