Sekvenování de novo pro charakterizaci vnitrodruhové a mezidruhové genetické variability rodu Trifolium prostřednictvím DNA markerů - Pátková, Lenka (2015)
Rod Trifolium (jetel) je agronomicky významným rodem. Je snahou šlechtitelů zlepšovat výnos či jiné důležité vlastnosti jetele. Účinné šlechtění vychází ze znalosti sekvence genomu, která poskytuje v tomto směru cenné poznatky. Metody sekvenování nové generace umožnily sekvenovat i nemodelové druhy rostlin s komplexními genomy, mezi které patří právě i jetel. Tato práce se zabývá využitím markerů SSR a SNP navržených ze sekvence druhu T. pratense, která byla získána sekvenováním metodou Illumina. Bylo validováno 50 markerů SSR. Analýza byla provedena u 15 různých odrůd T. pratense, souboru 17 planých druhů rodu Trifolium a 7 z nich vyšlechtěných odrůd a dále u skupiny 36 jetelových hybridů. Byl zjištěn vysoký polymorfismus a dobrá přenositelnost markerů. Data byla využita pro charakterizaci genetické variability, ke studiu hybridizace a introgrese, sestrojení fylogenetických stromů a k identifikaci odrůd. Dále byla provedena analýza 7 markerů SNP u 5 odrůd T. pratense. Byly navrženy dv