Fast methods of charge calculation
Jednou z metod určených pro rychlé výpočty atomových bodových nábojů je ekvalizační metoda EEM. Jejímu použití předchází náročný proces parametrizace, který byl v rámci této práce uskutečněn s využitím atomových bodových nábojů získaných pomocí ab initio a DFT metod s využitím Hartree- Fockovy metod...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2014
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/60782/prif_d/ |
| LEADER | 07403ctm a22012737a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000984714 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20150813113143.0 | ||
| 008 | 140118s2014 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-11-04 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)125209 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 544 |x Fyzikální chemie |2 Konspekt |9 10 | |
| 080 | |a 530.145.6 |2 MRF | ||
| 080 | |a 544.112 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Novotná Jiroušková, Zuzana |7 mub2014804154 |% UČO 60782 |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Rychlé metody výpočtu nábojů v počítačové chemii |y cze |
| 245 | 1 | 0 | |a Fast methods of charge calculation |h [rukopis] / |c Zuzana Novotná Jiroušková |
| 260 | |c 2014 | ||
| 300 | |a 101 s., 21, 13 příl. : |b il. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 | ||
| 520 | 2 | |a Jednou z metod určených pro rychlé výpočty atomových bodových nábojů je ekvalizační metoda EEM. Jejímu použití předchází náročný proces parametrizace, který byl v rámci této práce uskutečněn s využitím atomových bodových nábojů získaných pomocí ab initio a DFT metod s využitím Hartree- Fockovy metody a funkcionálů BP86, PW91, BLYP, PBE, B3LYP a M06-2X. Pro parametrizaci byly použity testovací sady molekul z databází experimentálních a počítačově určených struktur. Samotná parametrizace byla provedena s využitím několika schémat pro výpočet nábojů, jako jsou Mullikenova populační analýza (MPA) a přirozená populační analýza (NPA) a také nábojů získaných z elektrostatického potenciálu s využitím Merz-Kollmanova a ChelpG schématu. Takto získané EEM náboje byly testovány a ukázalo se, že dosahují lepších výsledků než dosud publikované parametry. Součástí práce bylo též testování nového přístupu k parametrizaci, kdy jsou parametry získávány přímo z elektrostatického potenciálu. Tato nově vyv |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a The Electronegativity Equalization Method (EEM) is fast approach for charge calculation. Challenging part of the EEM is the parameterization process, which was performed on atomic point charges calculated by ab initio and DFT methods, specifically Hartree-Fock method and BP86, PW91, BLYP, PBE, B3LYP and M06-2X functionals. For the parameterization, training sets including organic, organohalogen and organometal molecules were retrieved from the databases of experimentally and computationally determined structures. The EEM parameterization was performed for a variety of charge sources which includes Mulliken Population Analysis (MPA) and Natural Population Analysis (NPA) charges and charges derived from electrostatic potential employing Merz- Kollman and ChelpG schemes. Retrieved EEM charges were carefully verified and it was proved that they perform better than the previously published ones. Also, a new EEM parameterization method was introduced which is able to obtain parameters direct |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a ekvalizace elektronegativit |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a kvantová mechanika |7 ph115047 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a molekulární mechanika |7 ph579351 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a rozdělovací koeficient n-oktanol/voda |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a solvatační energie |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a výpočet nábojů |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a electronegativity equalization method |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a charge calculation |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a molecular mechanics |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a n-octanol/water partition coefficient |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a quantum mechanics |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a solvation energy |2 eCZ-BrMU |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 658 | |a Biochemie (čtyřleté) |b Biomolekulární chemie |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Koča, Jaroslav, |d 1955-2021 |7 jn20000710314 |% UČO 610 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/60782/prif_d/ |
| CAT | |c 20140118 |l MUB01 |h 0420 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20140120 |l MUB01 |h 1355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140121 |l MUB01 |h 1237 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140121 |l MUB01 |h 1237 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140417 |l MUB01 |h 1230 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1333 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1350 | ||
| CAT | |c 20140911 |l MUB01 |h 1613 | ||
| CAT | |c 20140912 |l MUB01 |h 1107 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1320 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20141112 |l MUB01 |h 1158 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20150703 |l MUB01 |h 1233 | ||
| CAT | |a REPISOVA |b 02 |c 20150813 |l MUB01 |h 1131 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1451 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1412 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0442 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20171219 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0732 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20201104 |l MUB01 |h 1009 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0515 | ||
| CAT | |a VACOVAX |b 02 |c 20201211 |l MUB01 |h 1114 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1007 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1955 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20210703 |l MUB01 |h 2351 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1226 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0036 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2338 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-11-04 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-K-12368 |5 3285007012 |8 20141112 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20141112 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-K-12368 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||