Study of protein-RNA complexes by computational methods

Práce se zaměřuje na studium RNA vázajících proteinů a interagujících proteinových domén zapojených do post-trankripčních úprav použitím výpočetních metod. Při studiu proteinů a jejich komplexů byly využity volné simulace molekulové dynamiky (MD) stejně jako simulace ve spojení s experimentálními da...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Pasulka, Josef, 1984- (Dissertant)
Other Authors: Koča, Jaroslav, 1955-2021 (Thesis advisor)
Format: Thesis Manuscript
Language:English
Published: 2013
Subjects:
Online Access:http://is.muni.cz/th/105979/prif_d/
Cover Image
LEADER 06205ctm a22009977a 4500
001 MUB01000877055
003 CZ BrMU
005 20150106111048.0
008 131101s2013 xr ||||| |||||||||||eng d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-19 
035 |a (ISMU-VSKP)161235 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD035 
072 7 |a 577  |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika  |2 Konspekt  |9 2 
080 |a 543.429.23  |2 MRF 
080 |a 544.112:531.3  |2 MRF 
080 |a 577.122  |2 MRF 
100 1 |a Pasulka, Josef,  |d 1984-  |7 mub2013762469  |% UČO 105979  |4 dis 
245 1 0 |a Study of protein-RNA complexes by computational methods  |h [rukopis] /  |c Josef Pasulka 
246 1 1 |a Studium komplexů proteinů RNA výpočetními metodami 
260 |c 2013 
300 |a 213 s. 
500 |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča 
502 |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 
520 2 |a Práce se zaměřuje na studium RNA vázajících proteinů a interagujících proteinových domén zapojených do post-trankripčních úprav použitím výpočetních metod. Při studiu proteinů a jejich komplexů byly využity volné simulace molekulové dynamiky (MD) stejně jako simulace ve spojení s experimentálními daty získanými nukleární magnetickou rezonancí (NMR). Práce podává stručný přehled metod a principů, které je nutno zvládnout při aplikaci MD simulací a stanovení 3D struktur proteinů z NMR dat. Kapitola 1 stručně uvádí čtenáře do problematiky proteinových komplexů a komplexů proteinů vázajících RNA a jejich výskytu v buňce. Zmíněny jsou také použité metody. Kapitola 2 představuje teoretickou část dizertační práce. Nejprve je popsána důležitost mezimolekulárních interakcí proteinů a interakcí proteinů s RNA ve spojitosti s biologickými procesy v buněčném jádru. Dále je představena NMR spektroskopie jako jeden z nástrojů strukturní biologie, následuje popis NMR experimentů použitých pro ...  |% cze 
520 2 9 |a This thesis is focused on study of RNA-binding proteins and protein interacting domains involved in post-transcriptional modifications by computational methods. Proteins and their complexes were studied either using unrestrained molecular dynamics (MD) simulations or in conjunction with experimental data obtained by nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy. The work presents a brief overview of methods and principles that are required for MD simulations and determination of the 3D structure of a protein from NMR data. Chapter 1 briefly introduces the reader to the occurrence of protein-protein and protein-RNA binding complexes in cell. The used techniques are outlined. Chapter 2 presents the theoretical part of this thesis. First, the importance of protein-protein and protein-RNA interaction is described in the context of biological processes within the cellular nucleus. Next, the NMR spectroscopy is introduced as a tool of structural biology, the NMR experiments used for ...  |9 eng 
650 0 7 |a interakce protein-protein  |7 ph602153  |2 czenas 
650 0 7 |a molekulární dynamika  |7 ph202577  |2 czenas 
650 0 7 |a nukleární magnetická rezonance  |7 ph123365  |2 czenas 
650 0 7 |a proteiny vážící RNA  |2 czmesh 
650 0 9 |a molecular dynamics  |2 eczenas 
650 0 9 |a nuclear magnetic resonance  |2 eczenas 
650 0 9 |a protein-protein interaction  |2 eczenas 
650 0 2 |a RNA-Binding Proteins 
655 7 |a disertace  |7 fd132024  |2 czenas 
655 9 |a dissertations  |2 eczenas 
658 |a Biochemie (čtyřleté)  |b Biomolekulární chemie  |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM)  |2 CZ-BrMU 
700 1 |a Koča, Jaroslav,  |d 1955-2021  |7 jn20000710314  |% UČO 610  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Národní centrum pro výzkum biomolekul  |7 kn20100614011  |4 dgg 
856 4 1 |u http://is.muni.cz/th/105979/prif_d/ 
CAT |c 20131101  |l MUB01  |h 0422 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140108  |l MUB01  |h 1135 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140109  |l MUB01  |h 1105 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140113  |l MUB01  |h 1251 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140120  |l MUB01  |h 1355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140417  |l MUB01  |h 1230 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1333 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1350 
CAT |c 20140911  |l MUB01  |h 1613 
CAT |c 20140912  |l MUB01  |h 1107 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20141104  |l MUB01  |h 1320 
CAT |a VASICEK  |b 02  |c 20150106  |l MUB01  |h 1110 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20150107  |l MUB01  |h 1127 
CAT |c 20150901  |l MUB01  |h 1451 
CAT |c 20150921  |l MUB01  |h 1412 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20151203  |l MUB01  |h 1045 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20151226  |l MUB01  |h 0423 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20171219  |l MUB01  |h 1211 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20180828  |l MUB01  |h 0911 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20181106  |l MUB01  |h 0732 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190105  |l MUB01  |h 1433 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190228  |l MUB01  |h 1419 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190605  |l MUB01  |h 1343 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190620  |l MUB01  |h 0746 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 0849 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1211 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1218 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1134 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1137 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200323  |l MUB01  |h 1958 
CAT |c 20201019  |l MUB01  |h 1727 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1125 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1127 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201112  |l MUB01  |h 0515 
CAT |a VACOVAX  |b 02  |c 20201211  |l MUB01  |h 1114 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210217  |l MUB01  |h 2156 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1006 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1954 
CAT |a BATCH-UPD  |b 00  |c 20210703  |l MUB01  |h 2351 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20210724  |l MUB01  |h 1225 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210819  |l MUB01  |h 1812 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-19 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 KUK  |a Knihovna univ. kampusu  |2 SKLAD  |b KUK - sklad  |3 PřF-K-12385  |5 3285007397  |8 20150106  |f 71  |f Prezenční SKLAD  |r 20141231  |s převod 
AVA |a MED50  |b KUK  |c KUK - sklad  |d PřF-K-12385  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0  |j SKLAD