Study of protein-RNA complexes by computational methods - Pasulka, Josef, 1984- (2013)
Práce se zaměřuje na studium RNA vázajících proteinů a interagujících proteinových domén zapojených do post-trankripčních úprav použitím výpočetních metod. Při studiu proteinů a jejich komplexů byly využity volné simulace molekulové dynamiky (MD) stejně jako simulace ve spojení s experimentálními daty získanými nukleární magnetickou rezonancí (NMR). Práce podává stručný přehled metod a principů, které je nutno zvládnout při aplikaci MD simulací a stanovení 3D struktur proteinů z NMR dat. Kapitola 1 stručně uvádí čtenáře do problematiky proteinových komplexů a komplexů proteinů vázajících RNA a jejich výskytu v buňce. Zmíněny jsou také použité metody. Kapitola 2 představuje teoretickou část dizertační práce. Nejprve je popsána důležitost mezimolekulárních interakcí proteinů a interakcí proteinů s RNA ve spojitosti s biologickými procesy v buněčném jádru. Dále je představena NMR spektroskopie jako jeden z nástrojů strukturní biologie, následuje popis NMR experimentů použitých pro ...