Comparative genomics of Treponema pallidum subspecies and molecular diagnostics of syphilis in the Czech Republic
Rod Treponema zahrnuje několik druhů a poddruhů patogenních spirochet. Mezi klinicky nejvýznamnější lidské patogeny patří Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA), původce syfilis; T. pallidum subsp. pertenue (TPE), původce yaws; T. pallidum subsp. endemicum (TEN), původce endemické syfilis. Studium...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2013
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/72338/lf_d/ |
| Shrnutí: | Rod Treponema zahrnuje několik druhů a poddruhů patogenních spirochet. Mezi klinicky nejvýznamnější lidské patogeny patří Treponema pallidum subsp. pallidum (TPA), původce syfilis; T. pallidum subsp. pertenue (TPE), původce yaws; T. pallidum subsp. endemicum (TEN), původce endemické syfilis. Studium těchto patogenů je limitováno skutečností, že tyto treponemy nelze kultivovat v podmínkách in vitro. 7 treponemálních kmenů bylo porovnáno technikou „whole genome fingerprinting“ (WGF) s referenčním genomem kmene TPA Nichols. Technikou WGF byla zjištěna vysoká sekvenční příbuznost mezi zástupci TPA a TPE kmenů přesahující 99,6 %. Výsledky WGF naznačují, že rozdílná virulence TPA a TPE kmenů, odlišná klinická manifestace a způsob přenosu syfilis a yaws je způsobena relativně malými odlišnostmi v příslušných genomech. Jednou z diagnostických metod pro identifikaci syfilis je PCR. PCR přináší navíc možnost molekulárně typovat kmeny způsobující syfilis. V průběhu let 2004-2012 bylo diagnostikov The genus Treponema comprises several human pathogenic spirochetes including T. pallidum subsp. pallidum (TPA), T. pallidum subsp. pertenue (TPE), T. pallidum subsp. endemicum (TEN), the causative agents of syphilis, yaws and endemic syphilis, respectively. The study of these pathogens is limited by the fact that these treponemes cannot be cultivated under in vitro conditions. Seven treponemal strains from T. pallidum subspecies were compared with the whole genome sequence of TPA Nichols strain using the whole genome fingerprinting technique (WGF). Based on the WGF results, TPA and TPE strains are closely related (>99.6% sequence identity). The identified genetic differences between TPA and TPE are probably responsible for differences in clinical manifestation, in different routes of transmission and the decreased virulence of TPE strains compared to TPA strains. PCR-based methods were used for syphilis diagnostic purposes and for molecular typing of syphilis-causing strains in Czech R |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: David Šmajs |
| Fyzický popis: | 95 l. + 1 DVD |