In silico mutageneze a studium katalytických vlastností glykosidas

Tato bakalářská práce je zaměřena na studium β-D-manosidasy pocházející z bakterie Bacteroides thetaiotaomicron, jež hraje významnou roli v udržení lidského zdraví. Práce obsahuje především analýzy konformací substrátů v nativním proteinu, v mutovaných kavitách a molekulové simulace vybraných komple...

Celý popis

Uloženo v:
Podrobná bibliografie
Hlavní autor: Horská, Veronika (Autor práce)
Další autoři: Wimmerová, Michaela, 1968- (Vedoucí práce)
Typ dokumentu: VŠ práce nebo rukopis
Jazyk:Čeština
Vydáno: 2013
Témata:
AutoDock
dokování
glykoproteiny
molekulární dynamika
výpočetní metody
β-D-manosidasa
computational methods
docking
glycoproteins
molecular dynamics
bakalářské práce
On-line přístup:http://is.muni.cz/th/376140/prif_b/
Obálka
LEADER 07061ctm a22012257a 4500
001 MUB01000864000
003 CZ BrMU
005 20131021084459.0
008 130622s2013 xr ||||| |||||||||||cze d
STA |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
035 |a (ISMU-VSKP)237743 
040 |a BOD114  |b cze  |d BOD035 
072 7 |a 577  |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika  |2 Konspekt  |9 2 
080 |a 004.9:51-3  |2 MRF 
080 |a 544.112:531.3  |2 MRF 
080 |a 577.112.85  |2 MRF 
100 1 |a Horská, Veronika  |% UČO 376140  |* [absolvent PřírF MU]  |4 dis 
245 1 0 |a In silico mutageneze a studium katalytických vlastností glykosidas  |h [rukopis] /  |c Veronika Horská 
246 1 1 |a In silico mutagenesis and study of catalytic properties of glycosidases 
260 |c 2013 
300 |a 60 l. :  |b il. 
500 |a Vedoucí práce: Michaela Wimmerová 
502 |a Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 
520 2 |a Tato bakalářská práce je zaměřena na studium β-D-manosidasy pocházející z bakterie Bacteroides thetaiotaomicron, jež hraje významnou roli v udržení lidského zdraví. Práce obsahuje především analýzy konformací substrátů v nativním proteinu, v mutovaných kavitách a molekulové simulace vybraných komplexů enzym-substrát za účelem nalezení N-acetyl-manosaminidasy. Pro studium byly užity výpočetní metody, a to dockování, in silico mutageneze a molekulová dynamika. Výsledky 5 ns simulací 11 souborů modelů ukazují, že se většina residuí v aktivním místě podílí na stabilizaci substrátu a nevykazují větší flexibilitu. Dále byla potvrzena stabilizace N-acetylové části ligandu v enzymu obsahujícím mutace za alanin a serin. Velmi dobré výsledky dynamických simulací poskytovaly především dvojbodoví mutanti obsahující mutace glutamové kyseliny za kyselinu asparagovou, kdy byl ligand velmi dobře stabilizován i vhodně prostorově orientován.  |% cze 
520 2 9 |a This bachelor thesis is focused on β-D-mannosidase from bacterium Bacteroides thetaiotaomicron which plays an important role in maintaining human health. The study is aimed especially at the analysis of substrate confomations in the native protein, mutated cavities and molecular simulations of selected enzyme-substrate complexes to achieve to find novel N-acetyl-mannosidase. For the study were used computational methods, namely docking, in silico mutagenesis and molecular dynamics. Results of 5 ns simulation models of 11 sets show that the majority of the active site residues are involved in substrate stabilization and do not show higher flexibility. The stabilization of the N-acetyl group of the ligand was confirmed in the active site of the enzyme containing mutations for alanine and serine. Very good results of dynamic simulations provided primarily double point mutants containing mutations of glutamic acid for aspartic acid, where the ligand is stabilized very well and appropriatel  |9 eng 
650 0 7 |a AutoDock  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a dokování  |2 CZ-BrMU 
650 0 7 |a glykoproteiny  |7 ph318926  |2 czenas 
650 0 7 |a molekulární dynamika  |7 ph202577  |2 czenas 
650 0 7 |a výpočetní metody  |7 ph309624  |2 czenas 
650 0 7 |a β-D-manosidasa  |2 CZ-BrMU 
650 0 9 |a computational methods  |2 eczenas 
650 0 9 |a docking  |2 eCZ-BrMU 
650 0 9 |a glycoproteins  |2 eczenas 
650 0 9 |a molecular dynamics  |2 eczenas 
655 7 |a bakalářské práce  |7 fd132403  |2 czenas 
658 |a Biochemie  |b Chemoinformatika a bioinformatika  |c PřF B-BCH CHI (CHI)  |2 CZ-BrMU 
700 1 |a Wimmerová, Michaela,  |d 1968-  |7 ola2004235533  |% UČO 854  |4 ths 
710 2 |a Masarykova univerzita.  |b Národní centrum pro výzkum biomolekul  |7 kn20100614011  |4 dgg 
856 4 1 |u http://is.muni.cz/th/376140/prif_b/ 
CAT |c 20130622  |l MUB01  |h 0422 
CAT |a FOLTYNOVA  |b 02  |c 20131021  |l MUB01  |h 0844 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140416  |l MUB01  |h 0651 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20140428  |l MUB01  |h 1349 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20140804  |l MUB01  |h 1222 
CAT |c 20140911  |l MUB01  |h 1612 
CAT |c 20140912  |l MUB01  |h 1106 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20141104  |l MUB01  |h 1320 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20150107  |l MUB01  |h 1127 
CAT |c 20150703  |l MUB01  |h 1223 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20150804  |l MUB01  |h 1736 
CAT |c 20150901  |l MUB01  |h 1450 
CAT |c 20150921  |l MUB01  |h 1411 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20151203  |l MUB01  |h 1045 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20151226  |l MUB01  |h 0408 
CAT |a HANAV  |b 02  |c 20160731  |l MUB01  |h 2255 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20180828  |l MUB01  |h 0911 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20181106  |l MUB01  |h 0732 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190105  |l MUB01  |h 1433 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190228  |l MUB01  |h 1419 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190605  |l MUB01  |h 1343 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20190620  |l MUB01  |h 0746 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 0849 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1210 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20191210  |l MUB01  |h 1218 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1134 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200123  |l MUB01  |h 1137 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20200323  |l MUB01  |h 1958 
CAT |c 20201005  |l MUB01  |h 1143 
CAT |a VACOVAX  |b 02  |c 20201026  |l MUB01  |h 1110 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1125 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201030  |l MUB01  |h 1126 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20201112  |l MUB01  |h 0514 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210217  |l MUB01  |h 2156 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210525  |l MUB01  |h 1148 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1004 
CAT |c 20210614  |l MUB01  |h 1953 
CAT |a BATCH  |b 00  |c 20210724  |l MUB01  |h 1222 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20210819  |l MUB01  |h 1812 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220324  |l MUB01  |h 2121 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220811  |l MUB01  |h 2150 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20220929  |l MUB01  |h 2118 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221004  |l MUB01  |h 0159 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20221220  |l MUB01  |h 0136 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230228  |l MUB01  |h 0105 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230320  |l MUB01  |h 1550 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2352 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2354 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230331  |l MUB01  |h 2355 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230730  |l MUB01  |h 2154 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20230910  |l MUB01  |h 2311 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231013  |l MUB01  |h 0910 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231110  |l MUB01  |h 0959 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20231212  |l MUB01  |h 0014 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240313  |l MUB01  |h 0025 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240415  |l MUB01  |h 0036 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240519  |l MUB01  |h 0019 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240613  |l MUB01  |h 2039 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240701  |l MUB01  |h 2141 
CAT |a POSPEL  |b 02  |c 20240729  |l MUB01  |h 2337 
LOW |a POSLANO DO SKCR  |b 2020-10-05 
994 - 1 |l MUB01  |l MUB01  |m VYSPR  |1 KUK  |a Knihovna univ. kampusu  |2 SKLAD  |b KUK - sklad  |3 PřF-K-9254  |5 3285005928  |8 20131023  |f 71  |f Prezenční SKLAD  |r 20131023  |s převod 
AVA |a MED50  |b KUK  |c KUK - sklad  |d PřF-K-9254  |e available  |t K dispozici  |f 1  |g 0  |h N  |i 0  |j SKLAD 

Podobné jednotky