In silico mutageneze a studium katalytických vlastností glykosidas - Horská, Veronika (2013)
Tato bakalářská práce je zaměřena na studium β-D-manosidasy pocházející z bakterie Bacteroides thetaiotaomicron, jež hraje významnou roli v udržení lidského zdraví. Práce obsahuje především analýzy konformací substrátů v nativním proteinu, v mutovaných kavitách a molekulové simulace vybraných komplexů enzym-substrát za účelem nalezení N-acetyl-manosaminidasy. Pro studium byly užity výpočetní metody, a to dockování, in silico mutageneze a molekulová dynamika. Výsledky 5 ns simulací 11 souborů modelů ukazují, že se většina residuí v aktivním místě podílí na stabilizaci substrátu a nevykazují větší flexibilitu. Dále byla potvrzena stabilizace N-acetylové části ligandu v enzymu obsahujícím mutace za alanin a serin. Velmi dobré výsledky dynamických simulací poskytovaly především dvojbodoví mutanti obsahující mutace glutamové kyseliny za kyselinu asparagovou, kdy byl ligand velmi dobře stabilizován i vhodně prostorově orientován.