Atomic Charges in Proteins
Tato disertační práce je zaměřena na využití atomových nábojů pro studium chování proteinů. Práce nejdříve potvrdila vhodnost EEM modelu (electronegativity equalization model) pro výpočet nábojů v proteinech. Poté byla vyvinuta a úspěšně testována relevantní kalibrační procedura. V dalším kroku byly...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2013
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/336141/prif_d/ |
| LEADER | 07215ctm a22012497a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000854751 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20130904100151.0 | ||
| 008 | 130326s2013 xr ||||| |||||||||||eng d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-08-05 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)172170 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 539 |x Fyzikální stavba hmoty. Jaderná fyzika. Molekulární fyzika |2 Konspekt |9 6 | |
| 080 | |a 539.183.3 |2 MRF | ||
| 080 | |a 547.96 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577.112 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Ionescu, Crina-Maria |% UČO 336141 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Atomové náboje v proteinech |y cze |
| 245 | 1 | 0 | |a Atomic Charges in Proteins |h [rukopis] / |c Crina-Maria Ionescu |
| 260 | |c 2013 | ||
| 300 | |a 163 s. : |b il. + |e 1 CD-ROM. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Jaroslav Koča | ||
| 502 | |a Dizertace (Ph.D.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2013 | ||
| 520 | 2 | |a Tato disertační práce je zaměřena na využití atomových nábojů pro studium chování proteinů. Práce nejdříve potvrdila vhodnost EEM modelu (electronegativity equalization model) pro výpočet nábojů v proteinech. Poté byla vyvinuta a úspěšně testována relevantní kalibrační procedura. V dalším kroku byly EEM modely kalibrovány a validovány pomocí kvantově mechanických (QM) dat. Vyvinuté EEM modely při testování na proteinech překonaly jiné dostupné přístupy. Dále byl vyvinut přímočarý přístup využívající atomové náboje pro výzkum alosterických regulačních mechanismů u proteinů. Metoda používá koncept přenosu náboje v průběhu konformačních změn za účelem mapování postupu alosterické regulace a identifikování klíčových reziduí. Následná aplikace EEM modelu a procesu mapování přenosu náboje vede k formulaci potenciálního mechanismu aktivace proteinů, které regulují buněčnou smrt. Relevantní experimentální data jsou dostupná v literatuře a ukazují, že klíčová rezidua identifikovaná pomocí anal |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a This doctoral dissertation is focused on the study of protein behavior using atomic charges. The work first investigated the adequacy of an electronegativity equalization model (EEM model) for atomic charge calculation in proteins. An appropriate calibration procedure was then developed and successfully tested. Further, EEM models were calibrated and validated on a range of Quantum Mechanical (QM) data. The developed EEM models outperformed available approaches when tested on proteins. Additionally, a straightforward approach was developed for the study of allosteric regulation mechanisms in proteins via the use of atomic charges. The method uses the concept of charge transfer upon protein conformational changes in order to track the progression of allosteric regulation and pinpoint key residues. Subsequent application of the EEM model and charge transfer mapping procedure lead to the formulation of a potential mechanism of activation of proteins which regulate cell death. Sufficient |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a atomový náboj |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a atomy |7 ph170602 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a bílkoviny |7 ph119082 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a metoda vyrovnání elektronegativit |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a atomic charge |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a atoms |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a electronegativity equalization method |2 eCZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a proteins |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a disertace |7 fd132024 |2 czenas | |
| 658 | |a Biochemie (čtyřleté) |b Biomolekulární chemie |c PřF D-BCH4 BIOM (BIOM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Koča, Jaroslav, |d 1955-2021 |7 jn20000710314 |% UČO 610 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/336141/prif_d/ |
| CAT | |c 20130326 |l MUB01 |h 0420 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20130402 |l MUB01 |h 2300 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20130402 |l MUB01 |h 2301 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20130722 |l MUB01 |h 1337 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20130904 |l MUB01 |h 1001 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140108 |l MUB01 |h 1136 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20140120 |l MUB01 |h 1355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140417 |l MUB01 |h 1230 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1333 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1349 | ||
| CAT | |c 20140911 |l MUB01 |h 1611 | ||
| CAT | |c 20140912 |l MUB01 |h 1105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1319 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20150703 |l MUB01 |h 1219 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1450 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1411 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0355 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20171219 |l MUB01 |h 1211 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0731 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1210 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |c 20200805 |l MUB01 |h 1106 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0514 | ||
| CAT | |a VACOVAX |b 02 |c 20201211 |l MUB01 |h 1114 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1147 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1003 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1951 | ||
| CAT | |a BATCH-UPD |b 00 |c 20210703 |l MUB01 |h 2351 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1219 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0036 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2337 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2020-08-05 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-2013-K-9129 |5 3285005830 |8 20130725 |f 71 |f Prezenční SKLAD |r 20130725 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-2013-K-9129 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||