Atomic Charges in Proteins - Ionescu, Crina-Maria (2013)
Tato disertační práce je zaměřena na využití atomových nábojů pro studium chování proteinů. Práce nejdříve potvrdila vhodnost EEM modelu (electronegativity equalization model) pro výpočet nábojů v proteinech. Poté byla vyvinuta a úspěšně testována relevantní kalibrační procedura. V dalším kroku byly EEM modely kalibrovány a validovány pomocí kvantově mechanických (QM) dat. Vyvinuté EEM modely při testování na proteinech překonaly jiné dostupné přístupy. Dále byl vyvinut přímočarý přístup využívající atomové náboje pro výzkum alosterických regulačních mechanismů u proteinů. Metoda používá koncept přenosu náboje v průběhu konformačních změn za účelem mapování postupu alosterické regulace a identifikování klíčových reziduí. Následná aplikace EEM modelu a procesu mapování přenosu náboje vede k formulaci potenciálního mechanismu aktivace proteinů, které regulují buněčnou smrt. Relevantní experimentální data jsou dostupná v literatuře a ukazují, že klíčová rezidua identifikovaná pomocí anal