NMR study of the delta subunit of RNA polymerase from gram-positive bacteria
Hlavním cílem této dizertační práce je strukturní charakterizace dvou proteinových domén delta podjednotky RNA polymerasy z gram-pozitivních bakterií pomocí metody NMR. 3D struktura N-koncové domény delta proteinu byla definována s využitím standardních postupů, doplněných o netradiční metody pro ur...
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Thesis Manuscript |
| Language: | English |
| Published: |
2012
|
| Subjects: | |
| Online Access: | http://is.muni.cz/th/106467/prif_d/ |
| Summary: | Hlavním cílem této dizertační práce je strukturní charakterizace dvou proteinových domén delta podjednotky RNA polymerasy z gram-pozitivních bakterií pomocí metody NMR. 3D struktura N-koncové domény delta proteinu byla definována s využitím standardních postupů, doplněných o netradiční metody pro určování malých zbytkových interakcí. Pro tento účel bylo připraveno několik vzorků v oritentovaných médiích a získaná data byla před užitím ve výpočtech pečlivě testována. Chování nestrukturované C-koncové části proteinu bylo popsáno pomocí tří nezávislých metod: sledování odchylky přiřazených chemických posunů od hodnot typických pro náhodné klubko, analýzy změn v relaxačním chování proteinu po zavedení spinových značek a studia rychlé dynamiky. Téma a hlavní motivace této dizertační práce jsou stručně předsta- veny v kapitole 1. Kapitola 2 je věnována biologickému úvodu do problematiky strukturní studie RNA polymerasy z gram-pozitivních bakterií a představuje předběžné výsledky našich kol This Ph.D. thesis is focused on an NMR study of the delta subunit of RNA polymerase unique for gram-positive bacteria. The main purpose of this work was to structurally characterize both domains of the delta protein as accurately as possible. In the case of the ordered N-terminal domain, a conventional strategy, complemented with non-traditional methods utilizing small residual dipolar couplings, was exploited. Several partially oriented samples of the N-terminal delta protein were prepared and carefully validated orientational restraints were used in the structure calculation. Then, the unstructured C-terminal domain was described using three independent types of data: deviations of assigned chemical shifts from random coil values, paramagnetic relaxation enhancement introduced by spin labels, and NMR relaxation parameters of protein fast dynamics. The topic and motivation of the thesis are briefly introduced in Chapter 1. Chapter 2 presents the biological background of this study o |
|---|---|
| Item Description: | Vedoucí práce: Lukáš Žídek |
| Physical Description: | xix, 86 s., 4 příl., S1-27 : il. |