NMR study of the delta subunit of RNA polymerase from gram-positive bacteria - Papoušková, Veronika, 1984- (2012)
Hlavním cílem této dizertační práce je strukturní charakterizace dvou proteinových domén delta podjednotky RNA polymerasy z gram-pozitivních bakterií pomocí metody NMR. 3D struktura N-koncové domény delta proteinu byla definována s využitím standardních postupů, doplněných o netradiční metody pro určování malých zbytkových interakcí. Pro tento účel bylo připraveno několik vzorků v oritentovaných médiích a získaná data byla před užitím ve výpočtech pečlivě testována. Chování nestrukturované C-koncové části proteinu bylo popsáno pomocí tří nezávislých metod: sledování odchylky přiřazených chemických posunů od hodnot typických pro náhodné klubko, analýzy změn v relaxačním chování proteinu po zavedení spinových značek a studia rychlé dynamiky. Téma a hlavní motivace této dizertační práce jsou stručně předsta- veny v kapitole 1. Kapitola 2 je věnována biologickému úvodu do problematiky strukturní studie RNA polymerasy z gram-pozitivních bakterií a představuje předběžné výsledky našich kol