Understanding the sequence preference of recurrent RNA building blocks using quantum chemistry: the intrastrand RNA dinucleotide platform
Cílem předkládané studie je vysvětlení sekvenčních preferencí rekurentních RNA motivů pomocí moderních metod kvantové chemie. Výsledky analýzy potvrzují hypotézu Lu et al. (Xiang-Jun Lu, et al. Nuc. Acids Res. 32 (14), 2010) týkající se mimořádné stability GpU platformy.
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/175116/prif_r/ |
| Shrnutí: | Cílem předkládané studie je vysvětlení sekvenčních preferencí rekurentních RNA motivů pomocí moderních metod kvantové chemie. Výsledky analýzy potvrzují hypotézu Lu et al. (Xiang-Jun Lu, et al. Nuc. Acids Res. 32 (14), 2010) týkající se mimořádné stability GpU platformy. Folded RNA molecules are shaped by an astonishing variety of highly conserved non-canonical molecular interactions and backbone topologies. The dinucleotide platform is a widespread recurrent RNA modular building submotif formed by the side-by-side pairing of bases from two consecutive nucleotides within a single strand, with highly specific sequence preferences. This unique arrangement of bases is cemented by an intricate network of noncanonical hydrogen bonds and facilitated by a distinctive backbone topology. The present study investigates the gas-phase intrinsic stabilities of the three most common RNA dinucleotide platforms - 5'-GpU-3', ApA, and UpC - via state-of-the-art quantum-chemical (QM) techniques. The mean stability of base...base interactions decreases with sequence in the order GpU > ApA > UpC. Bader's atoms-in-molecules analysis reveals that the N2(G)...O4(U) hydrogen bond of the GpU platform is stronger than the corresponding H-bonds in the other two platforms. The mix |
|---|---|
| Fyzický popis: | 43 l. |