Computer modeling of enzymes
Tato disertační práce se zabývá aplikací metod molekulového modelování ke studiu enzymů. Jako modelový systém byly pro účely tohoto doktorského projektu vybrány enzymy z rodiny haloalkandehalogenas (HLDs) a to zejména z následujících dvou důvodů. Za prvé, HLDs mají široké spektrum praktického využit...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/64097/prif_d/ |
| Shrnutí: | Tato disertační práce se zabývá aplikací metod molekulového modelování ke studiu enzymů. Jako modelový systém byly pro účely tohoto doktorského projektu vybrány enzymy z rodiny haloalkandehalogenas (HLDs) a to zejména z následujících dvou důvodů. Za prvé, HLDs mají široké spektrum praktického využití, a za druhé, pro tuto skupinu enzymů je k dispozici velké množství znalostí o vztahu mezi jejich strukturou a funkcí. Celá práce byla motivována objevem vysoké enantioselektivity HLD DbjA ke dvěma třídám substrátům - konkrétně k α-bromovaným esterům a β-bromovaným alkanům. Na rozdíl od DbjA, byla u dalších HLDs vysoká enantioselektivita pozorována pouze s některými α-bromovanými estery. Analýza molekulární podstaty enantioselektivity enzymu DbjA odhalila, že za enantioselektivitu DbjA se studovanými třídami substrátů jsou zodpovědné dva strukturně rozdílné mechanismy. Popsaný rozdíl v původu enantioselektivity enzymu DbjA navíc umožnil kontrolovat tuto vlastnosti mutagenezí ... This Thesis focuses on the molecular modeling of enzymes. For this Ph.D. project, haloalkane dehalogenases (HLDs) were selected as a model system mainly due to: (i) a wide range of their practical applications and (ii) the wide knowledge about their structure-function relationships, compiled within many experimental and theoretical studies of these enzymes. This Thesis was initiated by observation of high enantioselectivity of HLD DbjA for two classes of substrates: α-bromoesters and β-bromoalkanes; other HLDs possess high enantioselectivity only with some α-bromoesters. Therefore the molecular basis of DbjA enantioselectivity was analyzed and two different structural bases determining enantioselectivity of DbjA towards these two classes of substrates were identified. Moreover, the different origin of enantioselectivity of DbjA allows its modulation by mutagenesis separately for α-bromoesters and β-bromoalkanes. To better understand principles involved in the enantioselectivity ... |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Jiří Damborský |
| Fyzický popis: | 197 s. |