Computer modeling of enzymes - Brezovský, Jan (2011)
Tato disertační práce se zabývá aplikací metod molekulového modelování ke studiu enzymů. Jako modelový systém byly pro účely tohoto doktorského projektu vybrány enzymy z rodiny haloalkandehalogenas (HLDs) a to zejména z následujících dvou důvodů. Za prvé, HLDs mají široké spektrum praktického využití, a za druhé, pro tuto skupinu enzymů je k dispozici velké množství znalostí o vztahu mezi jejich strukturou a funkcí. Celá práce byla motivována objevem vysoké enantioselektivity HLD DbjA ke dvěma třídám substrátům - konkrétně k α-bromovaným esterům a β-bromovaným alkanům. Na rozdíl od DbjA, byla u dalších HLDs vysoká enantioselektivita pozorována pouze s některými α-bromovanými estery. Analýza molekulární podstaty enantioselektivity enzymu DbjA odhalila, že za enantioselektivitu DbjA se studovanými třídami substrátů jsou zodpovědné dva strukturně rozdílné mechanismy. Popsaný rozdíl v původu enantioselektivity enzymu DbjA navíc umožnil kontrolovat tuto vlastnosti mutagenezí ...