Detekce podmíněně patogenních mykobakterií v biologických matriálech
V minulosti bylo určení netuberkulózních mykobakterií jednoduše proveditelné limitovaným panelem biochemických a kultivačních testů. Z důvodu stále se zvyšujícího množství nově popsaných druhů je problematická jak fenotypová identifikace druhu, tak přesné určení geneticky velmi podobných mykobakteri...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/222862/prif_m/ |
| Shrnutí: | V minulosti bylo určení netuberkulózních mykobakterií jednoduše proveditelné limitovaným panelem biochemických a kultivačních testů. Z důvodu stále se zvyšujícího množství nově popsaných druhů je problematická jak fenotypová identifikace druhu, tak přesné určení geneticky velmi podobných mykobakterií. Zvyšující se incidence netuberkulózních mykobakteriálních infekcí vedla k rozvoji molekulárních metod pro jejich rychlou detekci a identifikaci. Pro identifikaci mykobakterií je standardně používána širokospektrá 16S rRNA PCR s následnou sekvenční analýzou. Avšak tento přístup není vhodný pro rozlišení zástupců skupiny M. marinum (MMS) z důvodu jejich blízké genetické podobnosti. Proto cílem této práce bylo zavést cílenou kultivačně nezávislou metodu detekce M. marinum a aplikovat ji na reálné vzorky. V této práci byly použity dvě kvantitativní real-time PCR (qPCR) reakce: (i) primární erp qPCR s technologií TaqMan sond byla využita ke kvantifikaci MMS ve vzorcích tkání; (ii) následující Identification of nontuberculous mycobacteria was easily feasible by resorting to a limited panel of biochemical and cultural tests in the past. Rapid increase in the number of recognized mycobacterial species made both the phenotypic identification and differentiation of genetically similar species more problematic. An increasing incidence of nontuberculous mycobacterial infections led to development of rapid and sensitive techniques that can identify mycobacterial species. PCR-based methods were recently used for this purpose. The detection and differentiation of M. marinum group (MMG) by sequence analysis of 16S rRNA gene is questionable due to high sequence similarity within this group. The aim of this study was to introduce cultivation independent method for detection of M. marinum and application of this approach for real samples. In this study, the following real-time quantitative PCR (qPCR) assays were used: (i) a primary erp qPCR, with TaqMan probes, able to quantify MMG in ti |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Michal Slaný |
| Fyzický popis: | 58 l. |