Detekce podmíněně patogenních mykobakterií v biologických matriálech - Kantorová, Krystyna (2011)
V minulosti bylo určení netuberkulózních mykobakterií jednoduše proveditelné limitovaným panelem biochemických a kultivačních testů. Z důvodu stále se zvyšujícího množství nově popsaných druhů je problematická jak fenotypová identifikace druhu, tak přesné určení geneticky velmi podobných mykobakterií. Zvyšující se incidence netuberkulózních mykobakteriálních infekcí vedla k rozvoji molekulárních metod pro jejich rychlou detekci a identifikaci. Pro identifikaci mykobakterií je standardně používána širokospektrá 16S rRNA PCR s následnou sekvenční analýzou. Avšak tento přístup není vhodný pro rozlišení zástupců skupiny M. marinum (MMS) z důvodu jejich blízké genetické podobnosti. Proto cílem této práce bylo zavést cílenou kultivačně nezávislou metodu detekce M. marinum a aplikovat ji na reálné vzorky. V této práci byly použity dvě kvantitativní real-time PCR (qPCR) reakce: (i) primární erp qPCR s technologií TaqMan sond byla využita ke kvantifikaci MMS ve vzorcích tkání; (ii) následující