Optimalizace podmínek přípravy vzorků pro MALDI-MS profilování bakterií
Po provedení standardního protokolu přípravy dokáže MALDI-TOF MS robustně poskytovat reprodukovatelná hmotnostní spektra, ale některé blízce příbuzné druhy nedokáže spolehlivě odlišit. V této diplomové práci jsme se zaměřili především na studium podmínek přípravy vzorku pro MALDI-TOF MS analýzu a na...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/176557/prif_m/ |
| Shrnutí: | Po provedení standardního protokolu přípravy dokáže MALDI-TOF MS robustně poskytovat reprodukovatelná hmotnostní spektra, ale některé blízce příbuzné druhy nedokáže spolehlivě odlišit. V této diplomové práci jsme se zaměřili především na studium podmínek přípravy vzorku pro MALDI-TOF MS analýzu a nastavení parametrů pro vyhodnocení MALDI-TOF MS profilů, které vedly k vytvoření metody spolehlivě rozlišující vybrané skupiny bakterií na druhové úrovni. Byl studován vliv podmínek složení roztoku MALDI matrice či metody nanášení vzorku na desku spektrometru na kvalitu a reprodukovatelnost MALDI MS profilů a diskriminační schopnosti metody. Byly nalezeny nové druhově a rodově specifické signály některých zástupců rodu Lactobacillus. Following the standard protocol preparation, the MALDI-TOF MS is capable to provide reproducible mass spectra in a significant way, but is not able to reliably distinguish some closely related species. In this thesis we focused primarily on the study of specimen preparation conditions for MALDI-TOF MS analysis and the parameter settings for evaluation of MALDI-TOF MS profiles, which led to the creation of a method able to reliably distinguish chosen groups of bacteria on the species level. The influence of the conditions of solution composition of the MALDI matrix as well as methods of specimen application on the spectrometer plate on the quality and reproducibility of the MALDI MS profiles and the discrimination capability of the method have been studied. New specific and generic specific signals of different members of the Lactobacillus genus have been found. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Ondrej Šedo |
| Fyzický popis: | 62 l. |