Vliv experimentální chyby měřených zbytkových dipolárních interakcí na výpočet struktur proteinů
Zbytkové dipolární interakce měřené pomocí nukleární magnetické rezonance mohou být využity pro rozšíření experimentálních dat vhodných pro výpočet struktury proteinu, ovšem vzhledem k jejich malé intenzitě mohou být naměřené hodnoty zatíženy systematick ými experimentálními chybami. Vliv experiment...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/324489/prif_b/ |
| LEADER | 07288ctm a22012257a 4500 | ||
|---|---|---|---|
| 001 | MUB01000682536 | ||
| 003 | CZ BrMU | ||
| 005 | 20110826084903.0 | ||
| 008 | 110628s2011 xr ||||| |||||||||||cze d | ||
| STA | |a POSLANO DO SKCR |b 2019-12-20 | ||
| 035 | |a (ISMU-VSKP)216422 | ||
| 040 | |a BOD114 |b cze |d BOD035 | ||
| 072 | 7 | |a 577 |x Biochemie. Molekulární biologie. Biofyzika |2 Konspekt |9 2 | |
| 080 | |a 577.112 |2 MRF | ||
| 080 | |a 616-073:537.635.082.79 |2 MRF | ||
| 080 | |a 577 |2 MRF | ||
| 100 | 1 | |a Zachrdla, Milan |% UČO 324489 |* [absolvent PřírF MU] |4 dis | |
| 242 | 1 | 0 | |a Impact of the experimental error of measured residual dipolar couplings on protein structure calculation |y eng |
| 245 | 1 | 0 | |a Vliv experimentální chyby měřených zbytkových dipolárních interakcí na výpočet struktur proteinů |h [rukopis] / |c Milan Zachrdla |
| 260 | |c 2011 | ||
| 300 | |a 35 l : |b il. | ||
| 500 | |a Vedoucí práce: Lukáš Žídek | ||
| 502 | |a Bakalářská práce (Bc.)--Masarykova univerzita, Přírodovědecká fakulta, 2011 | ||
| 520 | 2 | |a Zbytkové dipolární interakce měřené pomocí nukleární magnetické rezonance mohou být využity pro rozšíření experimentálních dat vhodných pro výpočet struktury proteinu, ovšem vzhledem k jejich malé intenzitě mohou být naměřené hodnoty zatíženy systematick ými experimentálními chybami. Vliv experimentálních chyb na výslednou vypočtenou strukturu byl analyzován hodnocením mnoha parametrů, z nichž jsou uvedeny parametry s nejvýraznějšími rozdíly. Analýza ukázala, že využití zbytkových dipolárních interakcí obsahujících experimentální chyby vede namísto k vylepšení výsledné struktury k výraznému zhoršení hodnocených parametrů oproti výpočtům bez využití RDCs. RDCs, z nichž byla odstraněna na první pohled špatně naměřená data, již nezhoršují strukturu tak výrazně a v případě RMSD dokonce dosahují lepších hodnot než při vynechání RDCs, ale stále má jejich použití spíše negativní efekt. Až RDCs prošlá kontrolou pomocí metod vyvíjených na pracovišti, a tedy data obsahující minimální množství ex |% cze | |
| 520 | 2 | 9 | |a Residual dipolar couplings measured via nuclear magnetic resonance experiments can be applied to extend experimental data, which can be used for protein structure calculation. However, due to their low intensity, the measured values are prone to presence of systematic errors. Impact of the experimantal error on calculated structures was analysed by evaluating many parameters from which the parameters with the most considerable differences are presented. The analysis showed that the use of residual dipolar couplings containing experimental errors results in considerable deterioration of evaluated parameters instead of improving calculated structures compared to calculations without using of RDCs. RDCs, from which the evidently incorrectly measured data were removed, do not deteriorate calculated structures so considerably and in the case of RMSD, better results are achieved than without RDCs, but their impact is still more or less negative. Only RDCs that passed the tests developed in o |9 eng |
| 650 | 0 | 7 | |a bílkoviny |7 ph119082 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a nukleární magnetická rezonance |7 ph123365 |2 czenas |
| 650 | 0 | 7 | |a výpočty struktur proteinů |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 7 | |a zbytkové dipolární interakce |2 CZ-BrMU |
| 650 | 0 | 9 | |a nuclear magnetic resonance |2 eczenas |
| 650 | 0 | 9 | |a proteins |2 eczenas |
| 655 | 7 | |a bakalářské práce |7 fd132403 |2 czenas | |
| 658 | |a Biochemie |b Biochemie |c PřF B-BCH BCHM (BCHM) |2 CZ-BrMU | ||
| 700 | 1 | |a Žídek, Lukáš, |d 1968- |7 xx0126104 |% UČO 38990 |4 ths | |
| 710 | 2 | |a Masarykova univerzita. |b Národní centrum pro výzkum biomolekul |7 kn20100614011 |4 dgg | |
| 856 | 4 | 1 | |u http://is.muni.cz/th/324489/prif_b/ |
| CAT | |c 20110628 |l MUB01 |h 0423 | ||
| CAT | |a FOLTYNOVA |b 02 |c 20110826 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20111115 |l MUB01 |h 1303 | ||
| CAT | |a batch |b 00 |c 20120324 |l MUB01 |h 0149 | ||
| CAT | |c 20120610 |l MUB01 |h 2027 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20121015 |l MUB01 |h 1455 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20130304 |l MUB01 |h 1248 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20131217 |l MUB01 |h 1507 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140417 |l MUB01 |h 1230 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1333 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20140428 |l MUB01 |h 1349 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20141104 |l MUB01 |h 1319 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20150107 |l MUB01 |h 1127 | ||
| CAT | |c 20150703 |l MUB01 |h 1146 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20150803 |l MUB01 |h 1745 | ||
| CAT | |c 20150901 |l MUB01 |h 1447 | ||
| CAT | |c 20150921 |l MUB01 |h 1409 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20151203 |l MUB01 |h 1045 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20151226 |l MUB01 |h 0202 | ||
| CAT | |a HANAV |b 02 |c 20170731 |l MUB01 |h 1655 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20180828 |l MUB01 |h 0911 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20181106 |l MUB01 |h 0731 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190105 |l MUB01 |h 1433 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190228 |l MUB01 |h 1419 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190605 |l MUB01 |h 1343 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20190620 |l MUB01 |h 0746 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 0849 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1210 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20191210 |l MUB01 |h 1218 | ||
| CAT | |c 20191220 |l MUB01 |h 1306 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1134 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200123 |l MUB01 |h 1137 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20200323 |l MUB01 |h 1958 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1125 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201030 |l MUB01 |h 1126 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20201112 |l MUB01 |h 0514 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210217 |l MUB01 |h 2156 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210313 |l MUB01 |h 1115 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1147 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210525 |l MUB01 |h 1148 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 0954 | ||
| CAT | |c 20210614 |l MUB01 |h 1943 | ||
| CAT | |a BATCH |b 00 |c 20210724 |l MUB01 |h 1206 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20210819 |l MUB01 |h 1812 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220324 |l MUB01 |h 2121 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220811 |l MUB01 |h 2150 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20220929 |l MUB01 |h 2118 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221004 |l MUB01 |h 0159 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20221220 |l MUB01 |h 0136 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230228 |l MUB01 |h 0105 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2352 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2354 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230331 |l MUB01 |h 2355 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230730 |l MUB01 |h 2154 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20230910 |l MUB01 |h 2311 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231013 |l MUB01 |h 0910 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231110 |l MUB01 |h 0959 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20231212 |l MUB01 |h 0014 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240313 |l MUB01 |h 0025 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240415 |l MUB01 |h 0035 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240519 |l MUB01 |h 0019 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240613 |l MUB01 |h 2039 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240701 |l MUB01 |h 2141 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20240729 |l MUB01 |h 2337 | ||
| CAT | |a POSPEL |b 02 |c 20241014 |l MUB01 |h 1153 | ||
| LOW | |a POSLANO DO SKCR |b 2019-12-20 | ||
| 994 | - | 1 | |l MUB01 |l MUB01 |m VYSPR |1 KUK |a Knihovna univ. kampusu |2 SKLAD |b KUK - sklad |3 PřF-2011-K-8381 |5 3285003798 |8 20110826 |f 70 |f Prezenční |r 20110826 |s převod |
| AVA | |a MED50 |b KUK |c KUK - sklad |d PřF-2011-K-8381 |e available |t K dispozici |f 1 |g 0 |h N |i 0 |j SKLAD | ||