Vliv experimentální chyby měřených zbytkových dipolárních interakcí na výpočet struktur proteinů - Zachrdla, Milan (2011)
Zbytkové dipolární interakce měřené pomocí nukleární magnetické rezonance mohou být využity pro rozšíření experimentálních dat vhodných pro výpočet struktury proteinu, ovšem vzhledem k jejich malé intenzitě mohou být naměřené hodnoty zatíženy systematick ými experimentálními chybami. Vliv experimentálních chyb na výslednou vypočtenou strukturu byl analyzován hodnocením mnoha parametrů, z nichž jsou uvedeny parametry s nejvýraznějšími rozdíly. Analýza ukázala, že využití zbytkových dipolárních interakcí obsahujících experimentální chyby vede namísto k vylepšení výsledné struktury k výraznému zhoršení hodnocených parametrů oproti výpočtům bez využití RDCs. RDCs, z nichž byla odstraněna na první pohled špatně naměřená data, již nezhoršují strukturu tak výrazně a v případě RMSD dokonce dosahují lepších hodnot než při vynechání RDCs, ale stále má jejich použití spíše negativní efekt. Až RDCs prošlá kontrolou pomocí metod vyvíjených na pracovišti, a tedy data obsahující minimální množství ex