Information Content Analysis in Automated Fluorescence Microscopy
Tématem dizertační práce je automatizovaná fluorescenční mikroskopie. Práce se zabývá zejména algoritmy pro automatickou analýzu informace obsažené v obraze. Tento koncept zavádíme jakožto zobecnění tradičních postupů automatizovaného ostření. Zmíněné algoritmy slouží pro automatický výběr oblastí a...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Angličtina |
| Vydáno: |
2011
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/4123/fi_d/ |
| Shrnutí: | Tématem dizertační práce je automatizovaná fluorescenční mikroskopie. Práce se zabývá zejména algoritmy pro automatickou analýzu informace obsažené v obraze. Tento koncept zavádíme jakožto zobecnění tradičních postupů automatizovaného ostření. Zmíněné algoritmy slouží pro automatický výběr oblastí a následné snímání obrazů s vysokou informační hodnotou (tedy takových, které obsahují zajímavé objekty), v našem případě ve fluorescenčním režimu. Důraz je kladen na přesnost a spolehlivost. S ohledem na fenomén známý jako „photobleaching“ je i rychlost algoritmu klíčová. Klasické metody se obtížně vyrovnávají zejména s existencí více rovin s vysokou hodnotou obrazové informace (rovin ostrosti), v nichž by měl být obraz snímán. To je způsobeno značnou tloušťkou vzorku či prostě jen tím, že všechny objekty neleží ve stejné rovině. Pro konvenční režim (ve srovnání s konfokálním režimem) dokonce ani neznáme vhodnou funkci pro ohodnocení informace obsažené v obraze, bez ohledu na počet rovin s vysokou hodnotou obrazové informace. Celkově vzato, žádný z klasických přístupů neposkytuje uspokojivé výsledky. This thesis deals with automated fluorescence microscopy, in particular with automatic content analysis algorithms, which is a concept that we introduced as a generalization of the well-established autofocusing procedure. The aim of such algorithms is to enable automatic selection of regions of interest to be acquired and subsequent acquisition of images with high information content (i.e. containing objects of interest), in our case in fluorescence mode. The emphasis is on accuracy and reliability. Speed is also a critical factor due to the common phenomenon of sample photobleaching. The main challenge to the state of the art methods is the existence of more planes (more focus positions) with high information content to be acquired, which is the consequence of specimen thickness or simply of the fact that all the imaged objects do not lie in one plane. For the wide-field mode (as compared to the confocal mode) there is even a lack of a suitable function that would measure the image content, regardless of the number of planes with high content. |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Michal Kozubek |
| Fyzický popis: | vi, 99 l. : il. |