Strukturní vlastnosti biologicky významných kvadruplexů
Studovali jsme biologicky významné fragmenty nukleových kyselin, které díky své neobvyklé nukleotidové sekvenci mohou vytvářet kvadruplexová uspořádání. Studiem série vhodně vybraných oligonukleotidů jsme ukázali, že vrstvení guaninů, jak u paralelního G-kvadruplexu (dále jen kvadruplexu) dG4, tak i...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Čeština |
| Vydáno: |
2010
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/23709/prif_d/ |
| Shrnutí: | Studovali jsme biologicky významné fragmenty nukleových kyselin, které díky své neobvyklé nukleotidové sekvenci mohou vytvářet kvadruplexová uspořádání. Studiem série vhodně vybraných oligonukleotidů jsme ukázali, že vrstvení guaninů, jak u paralelního G-kvadruplexu (dále jen kvadruplexu) dG4, tak i u duplexu d(C4G4) v B-DNA i A-DNA uspořádání je velmi podobné. Tato strukturní neměnnost mohla mít význam v evoluci přenosu genetické informace a v základních funkcích nukleových kyselin, jako je například zahájení transkripce, rekombinace a další. (Kypr and Fialova, 2001) Věnovali jsme se studiu konformačních vlastností aptameru, který se specificky váže k thrombinu a inhibuje tím jeho aktivitu. Literární data uvádějí, že thrombinový aptamer se skládá do kompaktního antiparalelního intramolekulárního kvadruplexu. Pozorovali jsme, že thrombinový aptamer tvoří antiparalelní kvadruplex již v roztoku s nízkou iontovou silou. Přítomnost draselných iontů nebo etanolu kvadruplex stabilizuje, na We have studied biologically important fragments of nucleic acids that can form quadruplexes due to their unusual primary structure. Using a series of suitably selected oligonucleotides we have shown that the arrangements of guanines in the parallel G-quadruplex of dG4, and in the duplex of d(C4G4) in its both, B-DNA and A-DNA forms are very similar. This structural invariance might be important in evolution of genetic information and in the basic functions of nucleic acids, as e.g. in transcription. (Kypr and Fialova, 2001) We have studied conformational properties of an aptamer d(GGTTGGTGTGGTTGG), which specifically binds to thrombin and inhibits its activity. It has been shown in literature that the aptamer folds into a compact intramolecular anti-parallel quadruplex. We have, however, found that the aptamer forms a bimolecular quadruplex in an aqueous solution. The quadruplex is stable even in low salt solutions and it is stabilized by potassium ions or alcohol. In contrast, the |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Michaela Vorlíčková |
| Fyzický popis: | 1 CD-ROM |