Charakterizace PCNA zprostředkovaných interakcí při opravě dvouřetězcových zlomů v DNA
Kľúčovým procesom pri eliminácii DSBs je homológna rekombinácia. Tento proces vyžaduje prítomnosť mnohých faktorov, medzi ktoré patrí aj PCNA, ktorý plní úlohu procesivitného faktora eukaryotických polymeráz a zúčastňuje sa tak syntézy chýbajúceho úseku poškodenej molekuly DNA. Nakoľko in silico ana...
Uloženo v:
| Hlavní autor: | |
|---|---|
| Další autoři: | |
| Typ dokumentu: | VŠ práce nebo rukopis |
| Jazyk: | Slovenština |
| Vydáno: |
2010
|
| Témata: | |
| On-line přístup: | http://is.muni.cz/th/184535/prif_m/ |
| Shrnutí: | Kľúčovým procesom pri eliminácii DSBs je homológna rekombinácia. Tento proces vyžaduje prítomnosť mnohých faktorov, medzi ktoré patrí aj PCNA, ktorý plní úlohu procesivitného faktora eukaryotických polymeráz a zúčastňuje sa tak syntézy chýbajúceho úseku poškodenej molekuly DNA. Nakoľko in silico analýzou bol zistený interakčný motív (PIP-box) pre PCNA u Rad54p ako aj komplexu Mus81/Mms4, faktorov, ktoré sa zúčastňujú opravy DSBs v HR, cieľom tejto diplomovej práce bolo potvrdiť tieto tieto interakcie ako aj porozumieť ich biologickému významu. Interakcia PCNA s Rad54 aj Mus81/Mms4 bola in vivo a tiez in vitro potvrdená. V prípade Rad54p bola dokázaná experimentami s mutantnou formou Rad54-AA nevyhnutnosť PIP-box motívu pre väzbu s PCNA a takisto bolo zistené, že PCNA má pre interakciu s Rad54p pravdepodobne viac väzbových motívov. Nakoľko sa ukázalo, že je Rad54p-AA ATP-ázovo deficientý, nebolo možné popísať biologický význam tejto interakcie. Za týmto účelom bol generovaný mutant Ra The most toxic forms of DNA damage are DSBs, which once left unrepaired, can kill the cell. During evolution several pathways appeared to cope with this problem: the non-homologous end joining, homologous recombination (HR) and single strand annealing. Homologous recombination (HR) plays a key role in the elimination of DSBs. In our laboratory we are trying to understand the molecular mechanism of this pathway. In my diploma thesis we focused on PCNA mediated interactions involved in HR. By in silico analysis we found an interaction motif in the sequence of Rad54p and Mus81p, which are factors involved in the DSBs repair pathway. This led us to study these interactions more in detail. We comfirmed the interaction between PCNA and Rad54p as well as between PCNA and Mus81/Mms4 by in vitro and in vivo techniques. We also showed that these interactions are mediated by PIP-box motif in Rad54p and Mus81p. In the case of PCNA-Rad54p interaction we were not able to find out the biological fu |
|---|---|
| Popis jednotky: | Vedoucí práce: Lumír Krejčí |
| Fyzický popis: | 76 l. |